山东大学图书馆特藏部位于文理分馆蒋震图书馆，管理着图书馆的特藏文献资源。设有专用古籍书库3个，民国文献书库1个，总面积1800多平米，特藏阅览室一个，面积110多平米，阅览座位32个。书库内恒温恒湿，监视监控、防火防水防盗等设施齐全。

特藏部共藏有特藏文献资源40多万册件，其中古籍4万3千多种31万余册件(包括明清稿抄本、精刻本、法帖、拓片、书画、信札、唱本及书目古籍等珍贵特藏1万1千多种3万7千余册件)，民国文献3万1千多种6万4千余册（包括革命文献、民国图书、民国报刊、满铁文献、书目文献等）。

古籍收藏，历史悠长，量多质优，主要特色表现在明清善本古籍多、地方志古籍全以及古籍书目文献丰富等三个方面。其主要来源有三： 购买。除正常、零星购买外，主要是购买到了多批大宗的著名藏书家的藏书，如，购得青岛叶氏所藏地方志300多部，购得安邱曹愚盦藏书七大木箱近万册，购得诸城张镜夫千目庐所藏古籍3500多册等。 接受捐赠。山东大学历来以文史见长，很多国内知名学者都在这里工作过，他们中的很多人都把私人藏书捐赠给了山东大学图书馆，如：丁山先生的家属将丁氏生前所藏之书及著作手稿分三次悉数捐赠本馆，仅1952年一次捐赠就多达5000多册，蒋静贞先生捐赠藏书4653册，卢振华先生家属捐赠其所藏之书3000余册，郭宝钧先生家属捐赠800多册，另外社会捐赠图书亦复不少，如青岛华新纱厂经理捐赠私人藏书就有十多木箱数千册。 政府调拨。山东大学书馆曾接收过政府调拨过来的原青岛同善教会及原齐鲁大学图书馆等处所收藏的大批古籍。 自2007年国家古籍普查以来，特藏部已经将所有古籍、民国文献及影印古籍全部回溯建库，不适合建库的书画、碑帖等文献也全部整理登记。古籍数据库共著录古籍3万6千余种近31万册、民国文献2万8千余种6万1千余册、影印古籍8千1百余种2万4千余册，MARC总数达到6万4千余条，著录了书名、卷数、作者、抄刻者、抄刻时间、函册数、开本、版框、行款、牌记、刻工、序跋、藏印、存缺情况等项目内容。

山东大学图书馆馆藏较珍贵文献有： 国家珍贵古籍名录收录：（第一批）稿本《方望溪先生文稿》（第二批）元宗文书院刻明修本《五代史记七十四卷》等48种（第三批）明正德四年孙玺刻本《古乐府十卷》等19种 山东省首批珍贵古籍名录：（第一批）南宋刻本《开元释教录二十卷》（存一卷）等398种（第二批）元大德九年建康路儒学刻明成化弘治嘉靖南京国子监递修本《唐书二百二十五卷》等474部。

『北京图书馆善本书目』同馆善本部编1959·北京

『北京图书馆古籍善本书目』同馆编1987·北京

『北京大学图书馆藏古籍善本书目』同馆编1999·北京

『国立中央图书馆善本书目』增订本1-4同馆编1967·台北

『中央研究院历史语言研究所善本书目』同所编1967·台北

『中央研究院历史语言研究所普通本线装书目』同所编1970·台北

『东北师范大学图书馆藏古籍善本书目解题』同馆编1984·长春

『中国社会科学院文学研究所藏古籍善本书目』同所图书馆编1993·北京

『北京师范大学图书馆中文古籍书目』同馆编1983·北京

『中国人民大学图书馆古籍善本书目』同馆古籍整理研究所编1991·北京

『香港大学冯平山图书馆藏善本书录』饶宗颐编著1970·香港

『国立中央图书馆善本图书微☆目录索引』同馆编1984·台北

『国立故宫博物院善本旧籍总目』上下同院编1983·台北

『美国国会图书馆藏中国善本书录』王重民辑录·袁同礼重校1972·台北

『国立中央图书馆典藏国立北平图书馆善本书目』同馆编1969·台北

『大仓文化财团汉籍善本目录』同财团编1964·东京

『台湾公藏普通本线装书目书名索引』国立中央图书馆编1982·台北

『台湾公藏善本书目人名索引』国立中央图书馆编1972·台北

『台湾公藏宋元本书目』昌彼得编1955·台北

『国立北平图书馆书目目录类』萧璋编1934,1972·台北

『北京图书馆普通古籍总目』第一卷目录门同馆普通古籍组编1990·北京

『中国古籍善本书目·经部』同书编辑委员会编1986·上海

『中国古籍善本书目·史部』同书编辑委员会编1991·上海

『中国古籍善本书目·子部』同书编辑委员会编1994·上海

『中国古籍善本书目·集部』同书编辑委员会编1996·上海

『中国古籍善本书目·丛部』同书编辑委员会编1989·上海

『东方文化研究所汉籍分类目录』1945·京都

『大东急记念文库贵重书解题』第一卷总说·汉籍长泽规矩也编1956·东京

『补订足利学校遗迹图书馆古书分类目录』长泽规矩也编1975·东京

『庆应义塾图书馆藏和汉书善本解题』同馆编1958·东京

『阳明文库藏书解题国书善本·贵重汉籍』东京

『蓬左文库典籍丛录-骏河御让本』杉浦丰治著1975·名古屋

『关西大学所藏内藤文库汉籍古刊古钞目录』同大学图书馆编1986·大阪

『日光山「天海藏」主要古书解题』长泽规矩也编1966·日光

『大仓文化财团汉籍善本目录』同财团编1964·东京

『汉籍丛书所在目录』东洋学文献センタ　连络协议会编1965·东京

『东京大学东洋文化研究所汉籍分类目录』合册订正缩印版同所编1981·东京

『京都大学人文科学研究所汉籍分类目录』同所编1963·京都

『京都大学人文科学研究所汉籍目录』缩刷版同所编1981·京都