首先说一下焚书的理由，李斯及其门客的总结大概是：昔日诸侯相争，各有其国，而且是争相招士，所以养成私人教学和游学的风气。现在天下已经统一，法令从一而出，百姓应当努力从事农工，士则应该学习法令制度和各种刑法。但现在这些儒生所教出来的士人，不学习时下有用的实际学问，整天只知道钻研古书，乱发议论，妖言惑众，导使黔首对陛下所创的法令制度起怀疑，为害之大，不是任何罪行可以比拟的。同时，这些人只要说到有新法令颁布，就用他们所学的那套旧经典——驳斥，不但个人在内心不服，而且出外就群聚非议。以批评陛下来成名，以唱反调为高明，哗众取宠，成群结党来专门制造谣言诽谤政府，这种情形要是不迅速设法禁止，就会造成百姓不再信服政府任何行政措施的危机，必须要禁！ 但是李斯提出了一些折中的措施：比如实用学问的书简，如医药、卜筮、园艺等不再焚烧之列，有人想学习政治、刑名法令之学，可由官方办理的学校教授。

具体焚烧了多少书，并无据可考，但按照当时秦朝刑法之严，恐怕焚烧的数量是个天文数字，另外对于政府的荒唐举措，广大人民群众群策群力，各显神通，

焚书令下达后，人们挖地窖、筑复壁，将书藏进去，当然这项行动不能请人，也不能在白昼公开进行，只能利用深更半夜，邻人、家人都睡着时，一个人偷偷起来摸黑做。因此，许多白发苍苍的老学究，平生第一次拿起锄头或泥锹，弄得满手都是水泡，但他们为了保存传统文化，只有兴奋和喜悦，没有半点怨悔和恐惧。还有的人怕藏书迟早会被找到，干脆将自己的脑子变成书窖，日以继夜地背诵，能记多少算多少。他们也有集体合作的，大家分配你背《周礼》，我背《诗经》，他背《春秋》、《易经》……等等，这是日后由他们自行写出，或他们口述，而别人用今文（小篆）记载的古籍众的多来源。这类行动以齐鲁两地进行得最为积极，也是若干年后古文（大篆）经典出土的唯一来源。

在秦始皇嬴政统一六国后，建立了秦朝，秦始皇在政治、经济上都实行了改革，为了更好地巩固秦的统治，秦始皇听取并采纳了丞相李斯的意见，废除了西周遗留下来的分封制，在全国确立了郡县制。这样秦始皇将权利集中在自己的手中，划分为36个郡县，实行高度的中央集权。 

秦国统一后实行郡县制第八年，博士儒生淳于越竟公然上书，提出废除郡县制，恢复分封制，给皇家子弟封侯裂土的请求。他说： 臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。他反驳说：三代之争，何可法也。儒生不师今而学古， 道古以害今，如不加以禁止，则主势降乎上，党与成乎下，统一可能遭到破坏。 

就这样丞相李斯向秦始皇提出了焚毁古书的建议，秦始皇也意识到若废除郡县制，恢复分封制将会给以后各分封国复辟的机会，为了保住初创帝国的基业，为了更好的掌控权利统治国家，秦始皇采纳了李斯焚书的建议，下令除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁, 谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪。不到30天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬，留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。这即是所谓的“焚书”事件。

秦始皇统一六国后，取得了巨大的权力，也享受到了荣华富贵，但却十分怕死，他异想天开地寻找长生不老药，方士侯生、卢生等人答应为秦始皇找到这种药，按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且诽谤秦始皇天性刚戾自用，专任狱吏 ，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势 等等。秦始皇听后，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首 的罪名，下令进行追查，并亲自圈定460余人活埋于咸阳。这即是所谓的“坑儒”事件，发生在焚书后的第二年。

对于秦始皇焚书也好，坑儒也好，秦始皇之所以这样做更多的因为这些书籍以及这些儒士在秦始皇觉得对于秦朝的统治是很不利，妨碍到了秦始皇的集权统治。虽然焚书坑儒维持住了秦朝的统治，但也加速了秦朝政权的灭亡。秦始皇为了自身的利益，烧毁了很多长时间积累沉淀下来的华夏璀璨文明，埋没了很多有用人才，对整个华夏民族来说是巨大的损失，是永远抹不去的伤痛。

秦朝时孔子的书有被烧掉。据历史记载，秦始皇采纳了丞相李斯的建议，实行焚书坑儒，焚毁秦代以前的全部古典文献、《秦记》外的列国史记和儒家书籍《春秋》《左传》《连山易》《乐经》《六国史书》，以及《尚书》《诗经》《道德经》等，坑杀犯禁者四百六十余人。其中，孔子的书被认为是儒家经典，也在焚毁之列。据称，孔子10世孙孔安国《纬书》载：“孔子删书断自唐、虞，则唐、虞以前孔子得而烧之，《诗》三千篇，存三百十一篇，则二千六百八十九篇，孔子亦得而烧之矣”。 不过，也有历史学家认为即使焚书坑儒，孔子的书并没有全部被烧毁，因为有些书被保存在秦始皇自己的图书馆里，或者被民间私人收藏。