陆氏《三洞经书目录》只包括了上清等三派经典，三洞之外，其他流派的经书尚多，如汉末的《太平经》、《正一经》等。由于三洞分类法还不足以统辖各种道教经典，因此又很快设立了新的类别，即太玄、太平、太清、正一等“四辅”。以三洞、四辅七部分类的目录，最早见于南朝孟法师的《玉纬七部经目录》。孟法师等解释了四辅命名的意义：“太玄”取“玄之又玄”的重玄之义，辖《道德经》等，太玄部辅洞真部。“太平”以《太平经》为首而名，太平部辅洞玄部。“太清”取体大气清之义，令人升人太清仙境，太清部辖金丹诸经，辅洞神部。“正一”表示“正以治邪，一以统万”，正一部包括《正一盟威妙经》等。《正一图经》谓正一“宗道德，崇三洞”，所以正一部遍辅三洞。以上四辅中，“太平部”和“正一部”之名与所辖诸经有联系；而“太清部”和“太玄部”之名，表达的仍是神学意义，与三洞之名性质相同。由于四辅分类比三洞分类后出，有补充之义，故称辅。其实这种辅与被辅的关系，在诸经内容和地位上并不能体现出来。比如，老子《道德经》一贯作为道教所尊奉的权威经典，在道教典籍的分类中却处于辅助的地位。又如，从道教神学理论来说，洞神部有“召制鬼神”之义，应将符篆一类经典归于此部，但四辅又规定以统辖金丹类典籍的太清部辅洞神部，这也是自相矛盾的。因此，虽然七部分类法在道教历史上曾起到囊括各派经典、纲纪群经的作用，但由于道教神学理论不如佛教发达，有“杂而多端”的特点，必然引起道经分类和统属上的一些混乱，造成后人对于《道藏》检索的困难。

三洞之中，每洞又分为十二类，也称十二部。第一本文，指道经的原本真文；第二神符，指以符篆咒语为主的道书；第三玉诀，是注解道经的文字；第四灵图，是以神灵图像为主的道书；第五谱录，记神仙谱系；第六戒律，收道教的清规戒律及功过格一类典籍；第七威仪，记道教各种礼仪制度，如斋醮、祀神、请经等仪式；第八方法，记修行与招魂制鬼之法；第九众术，记炼丹及变化之术；第十记传，指道史及神仙传记；第十一赞颂，是以赞词、颂偈为主的道书；第十二表奏，列斋醮、祭祀所用的章表、奏疏等程式。由于三洞各十二部，合为三十六部，故“三十六部尊经”也成为一切道经的代称。十二部分类比三洞、四辅较为切合道书的实际情况，特别如戒律、神符、威仪等目是根据道书特点而确定的部类，切实可用。但也有不足之处，如“本文”和“玉诀”，将道经正文和注释分为二日，既不便查阅也不便利用；“方法”与“众术”分为二日，也界限不明，容易混淆；“赞颂”与“表奏”是从文体上区分，又与按内容区分的各类体例不一。