《四库提要辨证》一书博大精深。余嘉锡用50余年的时间，对《提要》中490种古籍进行考辨。这些古籍跨越经、史、子、集各个部类，对《提要》的错误加以纠正，对其疏漏加以补充。考证人物的姓名字号、时代籍贯及生平事迹等，必参考正史、别传及墓志碑铭；对于历史事实，必弄清其来龙去脉，比较各家的异同，将其放在广阔的背景之下，条分缕析，多方考证；对于书籍，必明确其体例，广泛引用历代官修、私修书目及历代正史中的艺文志、经籍志，或明辨其主旨，或考查其版本源流，对清人的藏书志、古籍题跋集，更是信手拈来，为其所用。综观全书，取材广博，考证精确，方法多样，新见迭出，实事求是，绝无空言。《辨证》虽是专门针对《提要》而作，实则对我国古代的历史、文学、哲学、文献学及学术史的研究，均作出了巨大贡献。

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由其父启蒙，曾索《书目答问》骇其浩博，茫乎失据，不知从何入手，及读《輶轩语》，始知从《四库全书提要》求治学之门径，十七岁起，日夜研读，但有所得，笔之书首，集年成册，更以他本。这就是他从事《提要辨证》的开端，至1937年，国乱日纷，恐多年心血付之流水，遂以子、史两部写定之稿一百二十余篇，排印数百册，即此书之初版。此后续有增益，从l937年至1952年．十七年间先后写定经部稿六十余篇，集部稿百余篇，史、子两部稿百余篇，凡二百六十余篇．自谓“惟以著书为事，此稿既为一生精力所萃，於他人或不无裨益，未可任其废置，因重加编定，取其成稿四百九十篇，依《四库提要》原书目次排列，汇为一书，以就正於当世。傥蒙告之以所闻而匡其不逮，则是区区之愿也。”。共八十余万字、系统地专辨《四库提要》对所论述的许多古籍，从内容、版本到作家生平，都作了翔实的考证。

余亲福分析《四库提要》的功过得失，态度比较客观。首先，他指出：今《四库提要》属作者之爵里，详典籍之源流，别自是非“旁通曲证，伎联瑜不掩，淄涡以剔，持比向、敖，殆无多让。至于剖析条沈，斟酌古今，辩章学术，高担群言，犬非王尧臣、冕式等所能望其项背。故日郎别录拟来、未有此书，非过论…—汉唐目录书尽亡，《提要》之作，前所未有。此可为读书之门径。

《辨证》是作者一生精力所萃。作者十六岁之时，虽然十分好学，但还不懂治学途径，当读到张之洞《輶轩语》“今为诸生指一良师，将《四库全书提要》读一过，即略知学问门径矣”之语时，不禁欢呼雀跃。第二年，其父从长沙购得《提要》，大喜过望，日夜苦读，遇有疑难之处，便核对原书，有所发现，则记于书眉，这是作者从事《辨证》写作之始，时为清光绪二十六年（1900），年仅十七岁。次年，便将研究所得，誊录一册。“而后读书续有所得，复应时修改，密行细字，册之上下四周皆满，朱墨淋漓，不可辨识，则别易一稿。如此三十余年，积稿至二十余册。”到1931年，作者已撰写考证《提要》之稿七百余篇。1937年，作者择取史、子两部写定之稿290余篇，分为十二卷，排印数百册以避免亡佚。自此以后，作者研治此书更勤，到1952年，又已费时十五年，新撰《辨证》稿260余篇，汇合前稿，共计490篇,约90万字,按《四库提要》原书顺序编排，即我们今日所见之《辨证》。从1900年到1952年作者写成此书，用时53年。我们说《辨证》是作者毕生心血的结晶，毫不为过。《辨证》之所以成为中国现代学术史上的经典性著作和研读《四库提要》不可或缺的参考书，也就在情理之中了。

他总结《四库提要》对学术界所起的作用，评价还是比较高的。但是又指出了它存在的严重缺失，他说：观其援据纷纶，及按其出处，则经部多取之《经义考》，史、子、集三韶多取之《通考·经籍考》，即晁、陈书目，亦未尝复核原书，无论其他也。及具自行考索，征引群籍又往往失之眉睫之前。隋、唐两志，尝忽不加察，《通志》《玉海》仅皆一引用。至宋、明志。及《干顷堂书目》惮于检阅夫。……纯缪之处，难可胜音，余已逐条驳正，不假一二淡也。余氏对《四库提要》的错误和疏漏之处，认真加以考核．“搜集证据，推勘事实”，“权衡轻重，而后笔之于书”(引义俱见本书《自序》)。全书征引繁富，考证极详，按《四库提要》原书日次编排．先摘原文，然后逐项指出它的失误所在。条理清晰，便于对照阅读，每本将所考辨的，包括原书内容、作者、版刻诸方面的问题。例如蔡卞《毛诗名物解》二十卷。《提要》：“白干女石《新义》及《字说》行．而宋之十风一变，其为名物训访之学者．仅卞与陆佃二家。……然其书虽工氏之学，而征引发明，亦有出于颖达《正义》、陆玑《草木虫鱼疏》外者，寸有所长，不以人废言也。”《四库提要辨证》所说见卷一。

嘉锡案：又如《新语》二卷。《四库提要》云：“旧本题汉陆贾撰……然《汉书司马迁传》称迁取《战国策》、《楚汉春秋》、陆贾《新语》作《史记》。《楚汉春秋》张守节《正义》犹引之，今佚，不可考。《战国策》取九十三事，皆与今本合。惟是书之文，悉见于《史记》。”《四库提要辨证》说：自来目录家皆以《新语》为陆贾所作，相传无异词，至《提要》始疑其伪，而其所考，至为疏缪，不足为据。

余嘉锡核对《汉书·司马迁传》终篇未尝记及陆贾《新语》，并进一步找出了《四库提要》致误的原因，是因为高似孙《子略》适于曾说“班固称太史公取《战国策》、《楚汉春秋》、陆贾《新语》作《史记》”，余氏判断说：“此盖似孙误记，而《提要》误信之，未及复考之《汉书》本传也”(引文皆见本书卷十)。上述两个例子，都是纠正《提要》对书籍内容疏于考核造成的外误。

案：“开卷本做十四卷，实诸本皆做二十四卷，开卷便错。则不能推委其责也，此文又见互动百科，显系相互复制，错误累累。大者不计，只其文字错误，已骇人。凡百余处。其引书，余因无原书，一时不能覆案，且定有改修错处。望读者君子亦为修改。”