祝由十三科包含：一曰大方脉科，主治伤寒痰喘，及一切内症。 二曰诸风科，主治麻木痈痪，及一切中风。 三曰胎产科，主治胎前产後诸病，及一切妇科异症。 四曰眼目科，主治青盲白翳，及流行眼疾。 五曰小儿科，主治惊风潮热，及一切幼科杂症。 六曰口齿科，主治牙痛鱼鲠，及一切喉症。 七曰痘疹科，癰疽疔毒，及淋浊科。 八曰伤折科，主治压伤骨断，及跌打损伤。 九曰耳鼻科，主治耳聋鼻衄及一切耳鼻病。 十曰疮肿科，主治癞疥顽癣，及无名肿毒。 十一曰金簇科，主治箭伤枪伤，及刀斧铁器伤。 十二曰书禁科，主治镇邪驱鬼，及辟毒截疮。 十三曰砭针科，主治疯癫，及筋骨疼痛。