元代是中外金丹术交流的重要阶段。在元代，阿拉伯的科学技术对中国影响很大。元朝在上都、大都各设回回药物院，管理回回药事；现存明初刻本《回回药方》，当是元代翻译的阿拉伯医书和药书。很多阿拉伯学者在元大都工作。例如，据戴良《九灵山房集》卷十九载，丁鹤年，西域人，算数、道引、方药之说，靡不旁习，在四明或卖药自给。1273年（至元七年），北司天台申报该台“合用文书经，计经书二百四十二部”，其中存放在提点官札马鲁丁家内的经书47部。在这47部文书中，就有亦乞昔儿撰的金丹术著作《烧丹炉火》8部。这证明阿拉伯金丹术知识在元代曾大量传入中国。在《庚道集》卷二第6页中提到“北卢甘石即回回名脱梯石。”元忽思慧《饮膳正要》记载：“用好酒蒸熬，取露成阿剌吉。”阿剌吉是阿拉伯语Araq的音译，说明元朝时阿拉伯蒸馏器曾传入我国。中国金丹术知识在元代大量传入阿拉伯国家。元兵西征时，使阿拉伯人学会了火药的配制技术和火器的使用方法。唐代孙思邈的《千金要方》在元代被译成波斯文。拉施特在1313年前后主编了一部中国医学百科全书，题名《伊尔汗国的中国科学宝藏》，书中涉及中国药物学。这些著作中都包含有中国金丹术知识。英国金丹家罗吉尔·培根曾同出使过元帝国的法国人吉尧姆·卢布鲁克有交往。培根不仅同卢布鲁交谈过，而且阅读了他的旅游报道。卢布鲁克于1253年从黑海北岸沿陆路跋涉到和林，受到元宪宗的接见。卢布鲁克是否向培根介绍过中国金丹术和火药方面的知识，这是一个有待研究的问题。但有一点是可以肯定的，那就是培根在其《大著作》里使用了卢布鲁克提供的资料，这是“中国”第一次出现在英国人的著作里，而这位英国人却是一位金丹家。

隋唐时期是中印金丹术交流的高峰时期。据《隋书·经籍志》卷三十四所录印度医方有：《龙树菩萨药方》四卷，《西域诸仙所说药方》二十三卷，《西域婆罗门仙人方》三卷，《西域名医所集要方》四卷，《婆罗门诸仙药方》二十卷，《婆罗门药方》五卷，《龙树菩萨养性方》一卷。由于这些方书的翻译，印度金丹术的某些知识也同时介绍到我国。如《千金翼方》记载有耆婆大士治人五脏六腑内万病及补养长生不老丸和耆婆汤等都是源于印度，王焘《外台秘要》天竺经中介绍了印度早已应用于眼科的矿物药如硫酸铜、硼砂、明矾等。印度八分医方中，列为第七的是长命药科论。唐代帝王酷好长生药，除请教道家的金丹术士外，也多方向印度寻求灵药。《酉阳杂俎》卷七记载，在六四八年，“王玄策俘中天竺王阿罗那顺以诣阙。兼得术士那罗迩娑婆，言寿二百岁。太宗奇之，馆于金飙门内，造延年药。令兵部尚书崔敦礼监主之。言：‘婆罗门国，有药名畔茶亻去水，出大山中石臼内。有七种色，或热或冷，能消草木金铁，人手入则消烂。若欲取水，以骆驼髑髅沉于石臼，取水转注瓠芦中”。唐太宗还派人到全国各地采怪药异石，甚至派使者到印度去采访名药。但那罗延娑婆寐造的药并无奇效，太宗只好听任去留，但他因年老体衰无法返国，死在长安。高宗即位，又从东天竺迎来卢迦逸多，任怀化大将军，派往印度，寻求长生不老之药。可见，印度金丹家那罗延娑婆寐和卢迦逸多在长安和中国宫廷名医、金丹家有过一定来往，曾共同研制一种新药，以求返老还童，但没有成功。公元716年，因为印度人要求唐玄宗派使者前去采购珠翠奇宝，宣称狮子国有灵药和养医之妪，玄宗便叫监察御史汤范臣和印度商人出使斯里兰卡。之后，屡宾、克什米尔、吐火罗等国多次进献精制药物，这些药物无非是所谓的长生不老灵药，其主要来源地是阿富汗和印度次大陆。隋唐时期中国金丹术在印度也很有吸引力，受到印度金丹家的普遍赞扬。公元647年唐太宗下令由玄奘法师合同道士蔡晃、成英组成一个三十多人的译经班子，将老子《道德经》逐字逐句译成梵文。这部梵文《道德经》在王玄策第二次出使印度时就送到了东天竺迦摩缕波国童子王的手中。阿萨密的许多习俗和礼仪从此染上了道教的风气，几乎与道教仪式并无两样。随着道教在印度的流行，作为道教组成部分的中国金丹术也得到了广泛的传播。义净在《南海寄归内法传》里说：“神州药石，根茎之类，……香气茅郁，可以蠲疾……长年之药，惟东夏焉……四海之中，孰不钦奉。”这几句话的意思是说，中国的金石药物和草药就可以免除疾病，至于长生不老的丹药，更是只有中国的最灵，因而备受印度人的推崇。

魏晋南北朝时期，中外金丹术交流有很大的发展。自从佛教在中国盛行以来，中国与毗邻的文明古国印度之间的关系日益密切，不少僧人互相往返，两国间的学术文化得到了广泛的交流。在东晋天竺三藏佛驮跋陀罗译《大方广佛华严经》卷五十九中，有关于印度炼金术和长生药的记载，原文是：“譬如一两阿罗娑药，变千两铜以为真金，于彼药分无所损减，菩提心药亦复如是。”又说：“譬如有人服阿罗娑药，不瘦不老，延寿无穷，菩萨摩诃萨，亦复如是。服菩提心阿罗娑药，于无量劫在生死中。”这说明印度金丹术可能在此期间曾传入中国。据杨炫之《洛阳伽蓝记》卷五记载：“国王见宋云，……遣解魏语人问宋云曰：‘卿是日出人也？’宋云答曰：‘我国东界有大海水，日出其中，实如来旨。’王又问曰；’‘彼国出圣人否？’宋云具说周、孔、庄、老之德，次序蓬莱山上银阙金堂、神仙圣人并在其上。说管辂善卜，华佗治病，左慈方术；如此之事，分别说之。王曰‘若如卿言，即是佛国，我当命终，愿生彼国。’”其中提到的左慈是汉末三国时著名金丹家，宋云是516年北魏胡太后振到北印度的使者。这段记载说明中国僧人曾向印度人介绍过左慈的金丹术。