这个有几个原因：

一，古代的技术科技并不发达，书籍的印刷数量有限，特别是一些不被主流重视的书籍，因为古代是以儒家思想为主，一些其他方面的书籍，可能并不重视，关注的人不多，印刷量或者抄录量都很少，只在小范围流动，如果出现战乱等等情况，就可能消失。

二，古代一些统治者为了统治的需要，会刻意的销毁或者篡改一些古籍，比如秦始皇的焚书坑儒，清朝编四库全书的时候，对内容进行的改动等等。

秦始皇的焚书坑儒，决没有破坏那些有价值的书籍，而是咸阳城有些“术士”，这些人听说秦始皇在寻找关于延长寿命的方法，于是他们就写了一些讽刺秦始皇的书，这可是侮辱皇帝的标准死罪啊！秦始皇能不杀他们吗？能不把那些污蔑他的书籍烧掉吗？之后幸存的一些术士，自然就把秦始皇描写成了迫害文人的暴君。

秦始皇不但没干过损害古籍文献的坏事，反而保护了不少文献书籍。

比如“六国的国史书籍”，秦始皇曾派人精心收藏了起来。

六国被灭后，秦始皇下令搞“文禁”，不许老百姓私自收藏六国的史书，只许官方收藏，并未因六国曾经是敌人就毁掉他们的史书，秦始皇考虑到这是历史记载，对历史要负责，所以说秦始皇还是比较英明的，不是传说中的那种暴君人物。

所以说秦始皇对古籍文献不曾有过损害。

乾隆修《四库全书》，因思想偏见太深，删去了很多珍贵内容，对古籍文献损害巨大。

《四库全书》是乾隆亲自组织人修订的，期间用了10年才完成。

1、因乾隆思想过于封建，他认为只有儒家的内容，值得留存在四库全书中，那些西方的科技内容属于“异端邪说”，可以学习他们的技术，但不能把内容学说记录到四库书籍中。

2、乾隆只允许把少量的农业、医学、天文类科技学说，留存在四库全书中，其它科技学说一概删除不留。

3、乾隆不允许把戏曲、小说类的文艺内容留存在四库全书中。

4、四库全书的部分图文内容，有被删掉或被篡改过。

乾隆的这种封建愚昧思想，可以说严重影响了中国的发展进程，难怪清朝末年我们与西方的差距那么大，乾隆对此事贡献不小啊！

从以上的对比可以看出，秦始皇的焚书坑儒与乾隆的修四库全书，很明显谁才是损害过古籍文献的凶手。

秦始皇当时虽然破坏了很多书籍，但是他并不是真正意义上的坑儒。因为当时还有不少有关儒学的史书被流传了下来。虽然当时秦始皇统一了六国，建立了中国第1个封建社会。他是一个非常有能力的君主，但是他还做出过很多令人不满的事情。在史书中，那些史学家对于秦始皇的批判从来没有少过。可以说自古以来秦使皇就是一个需要站在两个方面进行评判的君主。

他的性格是非常残暴的。在他统治秦国这一段时间当中，曾经推行过焚书坑儒。秦始皇当时在秦朝刚刚建立的时候，为了能够更好的控制这些百姓的思想，把那些有关儒学的史书全部焚毁。据统计当时秦始皇搜集了很多那些古书并且把他们全数销毁，其中还杀了400多位儒生。虽然有这种说法，但是其实这种说法并不是完整的。可以说当时秦始皇虽然烧了很多书籍，但是并没有做到真正意义上的坑儒。

值得一提的是不少史书中曾经记载，虽然当时秦始皇烧了很多有关儒学方面的书籍，但是秦国的一些史书他却没有烧毁，当时秦始皇烧毁的书籍，大多数都是其他6个国家的史书。秦始皇的这种举动，让秦国的历史完整的保存了下来，却让其他6个国家的历史遭到了破坏。再者来说，其实当时那些秦朝的官员可以私自保留一部分书籍。这可以说是对这些秦朝官员的特权，只是当时秦国的百姓不允许再私藏书籍了而已。

当时秦始皇也是有选择的焚烧一些书籍，他并不是把所有的书籍全部都烧毁，他还会让那些比较先进的医书保留下来。因为他知道这些医书中记载的都是人类的智慧，同样也可以推动秦朝医学和农业的发展。

焚书坑儒，又称“焚诗书，坑术士（一说述士，即儒生）”，西汉之后称“焚书坑儒”。秦始皇在公元前213年和公元前212年焚毁书籍、坑杀“犯禁者四百六十馀人”。

“焚书坑儒”一词出处《史记·卷121·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。经常被“坑儒”观点引做证据的是《史记·秦始皇本纪》中秦始皇长子扶苏的话(“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”)，西汉末孔安国(孔子10世孙)《〈尚书〉序》亦言：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”西汉刘向《〈战国策〉序》：“任刑罚以为治，信小术以为道。遂燔烧诗书，坑杀儒士”。[1]

同时秦始皇焚书并未焚烧医学、农牧等技术实用书籍。