“一·二八”淞沪战役爆发， 日军占据车站，大肆焚掠，叶玉森在晚上逃离寓所躲避。这时气候严寒，仓皇之间，没有来得及穿厚衣，乃至受寒而得病。一病10多天，竟然瘖不能语。吴清庠为他重新找了一处房子，且发电报叫叶玉森在安徽的小老婆坐船来服侍。医生检查后断为肺病，从此叶玉森日见消瘦，医药不见效。当时中央研究院历史语言研究所暂迁上海梵王渡小万柳堂，专任研究员、甲骨文专家董作宾曾专门来拜访他，商量筹建“中国契学会”，谈笑甚欢，可叶玉森哪有精力奔走呢！叶玉森的原配夫人崔氏，也从镇江赶来照顾，卒无起色。1933年3月的一天，叶玉森在贫病交迫中逝世，享年54岁。所有丧葬费用，由上海交通银行负担。留下二子———以粹、以文。他在临终前，面对可以料知的凄凉后事，对上大学的儿子叶以粹（字粟如）说：“你搞学术教育有希望，千万不要学我误入仕途，宦海沉浮，为北洋军阀工作，悔恨莫及。”

关于叶玉森的死另有一说：叶玉森50岁以后，生活困窘，家庭负担较重，一度托安徽大学校长程演生（1888~1955，曾任北京大学教授，外交部特派员）介绍，试图向中央研究院出售家藏甲骨未果。日本驻芜湖领事馆代理领事藤村愿以巨金购买，叶玉森坚决拒绝。1932年“一·二八”淞沪抗战爆发，叶玉森担心他的爱物毁于战火，因把所余甲骨1100片寄存当时住在租界内的吴庠之处。战事结束后他去取时，不料吴竟说东西不知哪里去了！他又气又急，痛心疾首，以至得病去世。不久，即有人向上海某博物馆卖了一批甲骨。后又转售给在上海市立图书馆任职的周连宽（1905—1998），现还收藏在上海博物馆。

另外，叶玉森去世前完成的最重要着作《殷墟书契前编集释》，经秦更年（扬州人，上海中南银行总银文书主任、总务课长）、吴静庵（镇江人，名定，吴庠之四弟）等人组成的“叶荭渔遗着整理同仁会”的帮助，于次年10月由上海大东书局石印面世。遗憾的是，叶玉森《殷墟书契后编集释》亦已脱稿，被仆人刘麻子把书稿偷卖到扬州书肆，至今不知下落。

叶玉森遗书数万卷，被他的小儿媳论斤卖给家乡镇江的省立图书馆。至今，镇江市图书馆古籍部还收藏有叶氏的几十种着作手稿，是国内收藏叶玉森文献最多的机构。叶的《天衣集》被南京图书馆收藏。

叶玉森逝世后，蒋彝写了一首《哭葓渔叶玉森文》，曰：“扬雄已死无奇字，杜牧当年有《罪言》。门外海涛三万里，秋风何处哭诗魂。”该诗非常切合当时国家离乱的现实和叶玉森凄凉的身份，对叶玉森的文学才华、学术成就评价很高，情真意切，感人肺腑。1934年11月9日大东书局石印本《殷墟书契前编集释》到了著名甲骨学家董作宾手中，董披览遗着，缅怀盛年早逝的故人，在扉页上题记：“葓渔于契文多创获，贡献功伟，余所夙佩，廿二年春，史言所（注：国立中央研究院历史语言研究所）迁沪，得与往还，相交日深，葓渔且有邀集同人创设契学会之议，余方联络故旧，从事组织，而是年秋（认为当为“春”）葓渔遽以瘵殁，会亦中辍。悲夫！今披览遗稿，犹不禁为之扼腕太息也。”可见，董作宾对叶玉森的死，是深表悲痛的。叶玉森的一些遗稿由他的同道陆续发表。1933年5月28日、29日上海《晶报》连续发表他对郭沫若《卜辞通纂》“续有评骘”的文章。1939年卫聚贤主持的《说文月刊》（实为叶玉森弟子金祖同所编辑）第一期刊发叶玉森遗诗《梦颉庵咏事乐府》7首，以至于学术界有人以为此时叶玉森还在世。

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解析:

文渊阁 位于北京故宫太和殿东南，东华门西北，文华殿之后，清代乾隆四十年(1775年)建，藏书后归故宫博物院收藏。

文源阁 位于北京圆明园内，乾隆四十年（1775年）建，咸丰十年（1860年）八国联军入侵时纵火焚毁。

文津阁 位于避暑山庄（今河北省承德市）平原区西北部山脚下，建于乾隆三十九年（1774年），藏书于1915年运至北京，现归北京图书馆收藏。

文溯阁 位于辽宁沈阳故宫之西，乾隆四十七年（1782）兴建，是七阁中藏书最完整而散失较少的一阁，现属辽宁省图书馆。

文汇阁 位于江苏省江都县（今扬州市）大观堂，乾隆四十五年（1780年）建， 咸丰四年（1854年）毁于大火 。

文淙阁 位于江苏省镇江市的金山寺，建于乾隆四十四年（1779年），咸丰三年（1853年）毁于大火。

文澜阁 位于杭州西湖孤山南面，是江浙三阁中仅有的一阁，初建于乾隆四十七年（1782年）,咸丰十一年（1861年）倒毁，部分藏书散失。光绪六年（1880年）重建，现属浙江省图书馆。