瞿昙寺现存明朝汉藏文对照御制碑以及明清匾额十块，明朝宣德二年所铸青铜大钟一口，香炉三鼎，明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所赐的金印、景泰蓝花瓶、象牙塔等许多珍贵文物。该寺左右迥廊的壁画大约四百平方米，主要为佛本生故事。寺内还珍藏着《甘珠尔》、《丹珠尔》、《宗喀巴大师文集》等佛经及著作三百多部，并有迎请自印度的舍利近百颗，供奉在佛塔内。瞿昙寺现存文物中最引人注目的是象背云鼓。那是一只石雕卧像，背上托起木雕的叠云，叠云架起一面真鼓。石象高约1米，周53米。石象回首顾盼，鼻卷莲花。