金陵刻经处具有重要的历史价值，不仅完整地保存了中国古老的木刻水印技艺之精髓，还收藏了大批珍贵的佛经版，它是研究中国佛教文化历史的重要实物资料。
金陵刻经处于光绪年间雕刻的“慈悲观音像”、“灵山法会图”等18幅佛像版艺术价值极高。这些佛像版规模之大、雕刻技艺之精湛、保存之完好令人叹为观止。此组佛像版为国内仅有，所雕人物形象庄严华妙，实为版画艺术和文物之珍品。
金陵刻经印刷技艺在学术界亦占有重要位置。南京大学的印刷史课程、上海复旦大学的古籍版本课程，都有金陵刻经印刷技艺内容。国外的印刷史研究专家学者也常来参观，他们称赞金陵刻经处是“活的古代印刷博物馆”。
国内外很多寺庙、佛堂、在家居士和学者等都对线装经书有一定的需求。金陵刻经印刷技艺在弘扬民族文化、促进中外文化交流方面，也发挥着重要作用。
2006年，金陵刻经印刷技艺被国务院列入第一批国家级非物质文化遗产名录。雕板艺人马萌青被江苏省文化厅命名为第一批江苏省非物质文化遗产金陵刻经印刷技艺代表性传承人。