基础科研与人才培养基地

哲学基础学科人才培养和科学研究基地

历史学基础学科人才培养和科学研究基地

经济学基础人才培养基地

数学基础科学研究与教学人才培养基地

物理学基础科学研究与教学人才培养基地

化学基础科学研究与教学人才培养基地

生命科学与技术人才培养基地

机械基础课程教学基地

大学生文化素质教育基地 人文社会科学重点研究基地

东北亚研究中心

边疆考古研究中心

数量经济研究中心

理论法学研究中心

中国国有经济研究中心

哲学基础理论研究中心 科技创新平台

物质制备科学科技创新平台

汽车工程科技创新平台

高压科学与技术科技创新平台

整合生物学科技创新平台

工程仿生科技创新平台

集成光电子学科技创新平台

东北资源与环境科技创新平台

计算与软件科学科技创新平台

哲学社会科学创新基地

东北亚研究与东北振兴哲学社会科学创新基地

中国边疆史地哲学社会科学创新基地

经济分析与预测哲学社会科学创新基地

法律与经济全球化哲学社会科学创新基地

社会发展理论哲学社会科学创新基地 集成光电子国家重点联合实验室（清华大学、吉林大学、中国科学院半导体研究所联合建立）

理论化学计算国家重点实验室

超硬材料国家重点实验室

汽车动态模拟国家重点实验室

无机合成与制备化学国家重点实验室

超分子结构与材料国家重点实验室 超分子结构与材料教育部重点实验室

符号计算与知识工程教育部重点实验室

分子酶学工程教育部重点实验室

地面机械仿生技术教育部重点实验室

汽车材料教育部重点实验室

病理生物学教育部重点实验室

地球信息探测仪器教育部重点实验室

东北亚生物演化（教育部重点）实验室

人兽共患病教育部重点实验室

相干光与原子分子光谱教育部重点实验室(筹) 变质动力学开放研究实验室(国土资源部)

应用地球物理综合解释理论开放研究实验室(国土资源部)

水资源评价管理系列模型开放研究实验室(国土资源部)

现代地球物理仪器开放研究实验室(国土资源部)

复杂条件钻进技术开放研究实验室(国土资源部)

功能矿物材料应用基础与物化性能检测方法开放研究实验室(国土资源部)

地球探测技术及仪器实验室(国土资源部)

通信新技术重点实验室(信息产业部)

信息科学重点实验室(信息产业部)

通信软科学重点实验室(信息产业部)

计算机通信重点实验室(信息产业部)

放射生物重点实验室(卫生部)

中药化学 Ⅲ 级实验室（国家中医药管理局）

分子生物学 Ⅲ 级实验室 （国家中医药管理局）

中国人口老龄化与经济发展研究中心（国家计生委） 国家863计划长春特种工程塑料研究开发中心（科技部）

特种工程塑料教育部工程中心（教育部） 吉林省光谱分析仪器工程技术中心

吉林省测控仪器智能化工程技术中心

金网格模具工程研究中心

吉林省干细胞工程研究中心

汽车材料工程研究中心

高压技术与功能材料工程技术中心

智能信号识别设备工程技术研究中心

通信软件产品线工程技术研究中心 政治学理论研究中心

技术经济与管理研究中心

东北亚研究院

古籍研究所

高等教育研究所

中国文化研究所

当代国际关系研究中心

邓小平理论研究中心社会发展研究中心

东北历史与疆域研究中心

加拿大研究中心

知识经济研究中心

欧洲研究中心

日本研究中心

俄罗斯研究中心

朝鲜·韩国研究中心

信息资源研究中心

吉林大学—锦天城金融与法律研究所

妇女研究中心

中国当代马克思主义文艺学研究中心

中国与周边国家区域合作研究中心

东北经济社会协调发展研究中心

“三个代表”重要思想研究中心

创业研究中心

辊锻工艺研究所

链传动研究所

超塑性与塑性研究所

理论化学研究所

原子与分子物理研究所

数学研究所

综合信息矿产预测研究所

水资源与环境研究所

再生医学研究所

实验动物中心

古生物学与地层学研究中心

东北亚国际地学研究与教学中心

吉林大学组合化学研究中心

吉林大学车辆检测技术研究与开发中心

吉林大学前列腺疾病防治中心

吉林大学理论物理中心

计算机科学技术研究所

吉林大学汽车运输工程研究中心

农业机械工程研究院

智能仪器与测控技术研究所

人兽共患病研究所

吉林省地面机械仿生技术与仿生功能材料中试基地

目前吉林大学古籍所并不是文学院的下属单位，是独立运行的。历史系，考古系，古籍所本来历史上是一家单位，后来各自独立运行。再后来曾一同并入大文学院（包括中文历史考古新闻汉教等，这种形式的合并，好坏咱不评价了），但是后来古籍所是独立的。