纳西族的族源，学者界认为源于远古时期居住在中国西北河（黄河）湟（湟河）地带的古羌人，向南迁徙至岷江上游，又向西南方向迁徙至雅砻江流域，再西迁至金沙江上游东西地带。

《后汉书》 西羌传载：古羌人“子孙分别，各自为种，任随所之，或为耗牛种，越篱羌是也” 。又说：“耗牛羌在蜀汉，其种别名号皆不可纪知也” 。

随着纳西族分布地区考古实物不断发现，一些学者提出了纳西族是南迁的古羌人与现居住地土著融合而形成的观点。考古工作者首先在丽江坝东南的木家桥，发现了古生物化石和人类股骨化石、头盖骨化石和旧石器，经鉴定，木家桥所发现的古人类化石距今10万年左右，考古学上称之为“丽江人”。继而在永宁、盐源泸沽湖地区发现了新石器遗址和细绳纹陶器、铁器、铜器等。

在四川省甘孜藏族自治州的康定、雅江、新龙、巴塘县，凉山彝族自治州木里藏族自治县、攀枝花市盐边县、西藏自治区贡觉、芒康县、云南省德钦、丽江、永胜县相继发现了石棺葬文化。这些地区基本属于历史上纳西族的活动范围。 秦时期，纳西族先民分布在今四川省凉山彝族自治州西南部、攀枝花市盐边县、雅安地区和甘孜藏族自治州南部，以及云南省西北部地区。

汉时期，定笮一带“摩沙夷”之地盛产盐、铁和漆，引发东汉朝廷派官兵争夺定笮盐铁之利的战争。《木氏宦谱》中对东汉及蜀汉时摩沙夷在盐源的活动已有简略记载。

至东汉时，纳西先民与东汉王朝直接建立了政治关系。

永平十七年（74年），川西南白狼夷向东汉王朝奉贡、献诗三章，称为《白狼王歌》， 其中有文字与现代纳西语相同或相近，说明白狼夷可能是纳西先民，清末民初汉文史籍和民间传说中多说古白狼国即在今四川巴塘。

据《元一统志》记载，约在公元3世纪初期，“麽些蛮”酋长蒙醋醋，侵夺“濮卢二蛮”所居的巨津州（今丽江市玉龙县巨甸）地区而“世袭居之”。

5世纪后期（南朝齐、梁之际），麽些酋长泥月乌率众驱走原来定居于今宁蒗永宁的吐蕃势力,而世代生息繁衍于此。

唐代，根据《蛮书》所载，东至今四川省西川地区，南至大理州宾川，西至澜沧江边的维西一带，北至铁桥上下的德钦、中甸一带，都有纳西人分布。

6世纪的梁、陈各朝，一支纳西先民经木里无量河流域，南迁至金沙江上游今香格里拉县东南部的三坝地带。

7 世纪中期唐高宗时期，纳西族部落集团首领叶古年，夺取 “濮獬蛮”所居住的“三赕”（或称“样渠头”，今丽江坝）。

7世纪末到8世纪初（麟德元年前后到开元年间），从盐源地区南渡金沙江到洱海以东的纳西族形成大的部落，在今云南宾川县建立了“越析诏”（又称麽些诏），为“六诏”之一。其领地被得到唐王朝支持的南诏所吞并。“越析诏”的兴亡前后约70年。

734年（开元二十二年）至737年（开元二十五年）间，唐朝调动姚州（今姚安）都督府的力量，派御史严正海、王承训帮助南诏王皮罗阁“合六诏为一”统一洱海地区，磨西族人建立的越析诏被攻破。

794年（贞元十年），南诏攻破土蕃神川都督府之地（今丽江地区）和昆明城（今盐源），磨西族的分布区域从藏族统辖转而纳入南诏的统辖范围之内。南诏于铁桥（今丽江塔城）设铁桥节度、于昆明城置香城郡，对磨西族的各部落进行统治。大理国时期，丽江地区由善巨郡（今丽江永胜）管辖。 1253年（宝佑元年），蒙古军在忽必烈的率领下兵分三路南征大理国，经木里到永宁日月和。忽必烈进入纳西族地区后，对当地部落首领先后授以“茶罕章管民官”、“茶罕章宣慰司”等官职，是土司土官制度的雏形。

1274年，元政权设置“丽江路军民总管府”，“丽江”之名从此始。

1285年，改置“丽江军民宣抚司 ”，宣抚司皆由麦良子孙承袭，统一了“酋寨星列”的纳西地区各部落，正式纳入了云南行省的行政区辖。

从1253年忽必烈灭大理国到清朝雍正元年（1723年）实施“改土归流”的470年间，元、明、清朝直接在纳西族地区推行中央王朝管辖下的世袭土司制度。 明太祖洪武年间，明大军进军云南后，纳西首领阿得“率众首先归附”，洪武十六年（公元1383年），明朝中央授么些贵族代表木得为丽江府土知府，世袭。

丽江木氏土司采取较为开明的政策，积极地引进中原汉族地区的生产技术和文化教育，广揽人才，将一些医生、教师、画师、佛、道教人士和开矿、冶炼、建筑、铜业、银业等方面的技术人才引进纳西族地区。

木氏土司有较强的军事力量，为明王朝征战效力，得到皇帝亲赐的“辑宁边境”、“诚心报国”、“西北藩篱”等嘉号。木氏借机向北扩张势力，自天顺六年（1462年）开始向藏区用兵，至明末，其势力范围达木里、巴塘、理塘、康定及西藏昌都以南地区。木氏并迁移大批纳西人民到上述地区戎守，此后这些纳西人大都融合于藏族中。 1723年（雍正元年），丽江实行“改土归流”，朝廷委派流官任知府，降木氏土知府为通判。“改土归流”后，免除了土司的各种苛派，废除庄奴500 多户，2000多人，建立了封建地主经济。清廷以当时满汉的生活方式和儒家文化的伦理道德观衡量纳西族的社会生活和风土民情，强制性地在纳西族地区实行移风易俗，如废火葬，改革服装，强化封建家长制、包办婚姻制等，导致纳西族地区发生了重大的社会矛盾和文化变迁，加剧了传统文化的衰落。

1856年（咸丰六年），杜文秀在蒙化（今巍山）发动回民起义，攻占大理。时驻大理守城营都司的丽江白沙人和鉴（武举人）被杀。鹤丽镇部下千总张正泰借机挑拨回族与纳西族之间的矛盾，并残酷屠杀金山、文智、拉市一带无辜回民700余人，在鹤（庆）、丽（江）、剑（川）、中（甸）、淮（西）一带往来打杀。

1859年，张正泰在鹤庆死于内讧。

1860年，杜文秀军攻占鹤、剑、丽、永等地。时驻淮西澜沧江边防守备的和耀曾（和鉴之子），与淮西叶枝王护兵头目杨玉科杀死和的上司淮西协镇守头领（回族人），广募乡勇，投靠清政府同回民起义军作拉锯式的战争。丽江古城几易其主，成为一片废墟，邻近乡村满目疮夷。

1872年，回民起义失败。据《丽江府志》记载：“丽邑子弟毁于王事者统计六千数百人，百姓死者十之二三。”这是丽江历史上的“乱世十八年”。 1915年12月25日，“反袁护国战争”在云南打响，，丽江纳西族积极参加护国运动，向护国军输送了3420名青年，为反对复辟帝制奋战疆场，很多纳西战士血染沙场。

1937年7月，抗日战争全面爆发后，纳西健儿随滇军战斗在抗战最前线，纳西族子弟随滇军奔赴抗日前线，参加了台儿庄、中条山等重大战役。在台儿庄战役中，280多名纳西族官兵壮烈殉国。

1941年，为了支持长久抗战，丽江纳西族人民没有任何现代工程机械的条件下，用人力修成了丽江附近的白沙机场。

1943年，为了中印“驼峰航线”的顺利通行，美军“飞虎队”在丽江设立“航空指挥站”，纳西族人民积极参加修建电台、修建房屋和其他军事工程，支持了盟军抗日斗争。

1936年4月，由任弼时、贺龙率领的中国工农红军第二方面军的一支部队北上抗日，到达丽江，受到纳西民众的热烈欢迎。

1948年，在中共云南地下党组织领导下，纳西族在农村建立了“农民抗敌协会”等组织。

1949年4月，由中共云南地下党领导的武装力量，解放了丽江邻县剑川，建立了滇西北第一个革命根据地。

1949年7月1日，丽江宣告和平解放。人民自卫队经过整训，奉命改编为“滇西北人民自卫军第三支队”，百分之九十以上的指战员都是纳西族。这支人民自卫军支队为配合人民解放军主力部队解放云南作出了积极贡献。 1950-1951年，人民解放军四十二师由丽江进军西藏。丽江县成立援藏委员会，抽调民兵4889人，骡马500匹，组成运粮总队，从丽江或人背或马驮运大米180710包到德钦。在中国人民解放军解放云南永胜、华坪、四川西昌等的战役中，很多纳西儿女参军参战，为新中国的解放事业做出了贡献。

1961年，成立丽江纳西族自治县。

1996年，丽江发生7级大地震，死伤3200多人，经济损失达45亿元。

1997年12月，丽江古城被联合国教科文组织评为“世界文化遗产”。

2003年6月，三江并流被评为“世界自然遗产”，9月，纳西族东巴古籍被入选“世界记忆遗产名录”。

云南省是纳西族的主要聚居地，有纳西族295,464人（2000年人口普查），占纳西族人口的955%。除云南外，四川和西藏均有纳西族聚居地，四川有纳西族8,725人，占28%，西藏有1,223人，占04%；其余省市区均有散居，共有4,065人，占13%。纳西族也是昆明市非土著民族中的第一大民族。由于纳西语方言的差异，有：纳西、纳、纳日、纳罕、纳若等多种自称。这些自称在发音上有轻微差别，但基本族称都是“纳”；而西、恒、罕、日都是“人”的意思。1954年，中央民委派出云南民族识别调查小组根据名从其主原则，确定 纳西族 为统一族称。汉文献中对纳西族的他称有：麽些、摩梭或摩些（“些”读为“suō”）。藏语称纳西族为：姜 或 卓。

纳西语，一般归入汉藏语系藏缅语族彝语支（有争议；有学者认为纳西语界于羌语支与彝语支之间）。纳西语分为西部、东部两大方言。使用西部方言者约有26万人，占总人口的87%。纳西语的基本语序：主语——宾语——谓语（S——O——V）。 一般认为，纳西族有两种传统文字：东巴文和哥巴文。东巴文（纳西象形文字）：是一种兼备表意和表音成分的象形文字，文字形态比甲骨文还要原始。被认为是目前世界上唯一仍然活着的象形文字。哥巴文：是一种音节文字。　纳西族信仰东巴教、藏传佛教等宗教。　丽江纳西族还普遍信奉“三朵”神，成为多种信仰的民族

纳西族文明程度较高，是云南省三个不享受高考加分的少数民族之一。纳西族文盲、半文盲占2741%，低于汉族的327%，是每万人口中初中及以上文化程度的人口高于汉族的五个民族之一。纳西族的信息化程度较高，处在云南各少数民族首位，数值为1203，电视拥有率为721%。　纳西族重视教育。截至2000年，纳西族中出现了5位大学校长，30位博士和3000多位教授。但近年来随着丽江市旅游业的发展，经济水平的提高与教育的进步并没有成正比，纳西族对教育的重视程度反而相对降低，表现在初高中学生辍学情况较严重。　近年来，纳西族地区进入到狂飙突进的经济发展时代；一方面，纳西文化获得了空前的声誉；但与此同时，纳西族的文化、传统和人口也在以前所未有的速度消退。据调查，丽江古城的纳西族小学生中，还会说纳西族母语的已不到30%。