最好的自然是古委会直接联系的22家，但有的学校不在所里招生。

北京大学中国古文献研究中心

　　复旦大学古籍整理研究所

　　北京师范大学古籍整理研究所

　　南京大学古典文献研究所

　　吉林大学古籍研究所

　　山东大学古典文献研究所

　　四川大学古籍整理研究所

　　武汉大学古籍整理研究所

　　中山大学中国古文献研究所

　　东北师范大学古籍整理研究所

　　陕西师范大学古籍整理研究所

　　华中师范大学历史文献研究所

　　上海师范大学古籍整理研究所

　　暨南大学中国文化史籍研究所

　　浙江大学古籍整理研究所

　　北京大学中国古代史研究中心

　　南开大学地方文献研究室

　　西北师范大学古籍整理研究所

　　兰州大学古籍整理研究所

　　西南师范大学汉语言文献研究所

　　南开大学古籍与文化研究所

　　华东师范大学古籍整理研究所

历史学专业硕士研究生，无论专硕还是学硕都属于人文系的‘历史学院’或‘历史文化学院’、‘历史文化旅游学院’。当然也有个别从属于文学院的，例如‘上海大学’。

主要招生学校有三类：一，985高校，北京大学、中国人民大学、南开大学、四川大学等；二、211类院校，华中师范大学、西南大学、东北师范大学、上海大学、暨南大学云南大学等；三、普通省属重点高校，湖北大学、湖北师范大学、扬州大学、江苏大学等。除此之外，国家社会科学院和一些省级社科院也需要招收该专业的考生。如果这些都不看，国内的很多普通二本院校也招收研究生专业研究生，例如‘赣南师范学院、聊城大学、信阳师范学院、长春师范大学’等。

至于研究方向，学术型的主要有‘中国古代史、中国近代史、中国现代史、史学理论、专门史民族史、地方史、经济史等、世界史等等’。而专业硕士则相对简单，一般都是学科教学历史学，这一类硕士大都集中在普通二本院校中，以师范类为主！

嗷我是复旦古籍所古代文学专业的在读学生，我微博里回答过这个问题，这里直接贴个截图吧。然后补充更正一下楼上点赞最多的回答：1关于专业课题型。古代文学和文学理论两门专业课，古代文学是既有客观题也有主观题的，文学理论只有主观题（共5道或6道），会考知识性的问题，也会需要考生自己的理解和发挥。2没有什么偏于理论的说法～不管中文系还是古籍所，其实做的东西都差不多，就是扎扎实实做严肃的学术研究，只要跨专业的同学不要误解是风花雪月诗词歌赋群众国学就行啦。

1 方向略有不同

文学院成立中国古代文学研究所。目前本所拥有中国古典文献学和中国古代文学两个博士点暨硕士点。中国古典文献学是国内第二批博士点学科，1984年获得博士学位授予权，现设有文学古籍整理与研究、古代文献学研究等研究方向。中国古代文学是国内第四批博士点学科，1990年获得博士学位授予权，现设有先秦两汉魏晋南北朝文学、唐宋文学、元明清文学等研究方向。

古籍研究所成立于1981年，是由原国家教委批准成立的全国第一个古籍整理研究机构。该所以整理研究中国古代（尤其是元代）文献为主要发展方向。

2 优势不同

文学院从本科到博士都有，除了文献学还有很多其他方向，古籍研究所就那一个专业。

数十年来，北京师范大学的中国古典文献学和中国古代文学学科形成了深厚的学术传统和良好的学术风气。在学术思想上，两个学科坚持文、史、哲沟通兼容的大文学史观念。在治学方法上，两个学科继承清代学者“义理、考证、辞章”三位一体的优良传统。在研究对象上，两个学科重视文学文本的探幽索隐和作家的心态发微，也重视探求各种文学史现象纵向的传承演变轨迹和横向的错综复杂联系，对各种文学史现象进行全方位、多角度的综合研究和比较研究。在研究领域上，两个学科在中国古代散文研究、中国古代戏曲小说综合研究、中国古代文学学术史研究等方面，成果丰硕，特色显著。

文献研究不只是个技术活，个人认为文学院体系更完善积淀更深厚，资源更丰富。

3 师资力量

这个我就不多说了，你自己去网站对比一下就明白了。文学院文献学的导师貌似是郭英德教授，郭英德教授是教育部人文社会科学跨世纪优秀人才，致力于中国古代戏曲史和戏曲文献、元明清文学、中国古典文学学术史等领域的学术研究，有《明清文人传奇研究》、《中国古典文学研究史》(合著)、《明清传奇综录》、《明清传奇戏曲文体研究》、《中国古代文体学论稿》等著作。基本也属于镇院之宝一级的人物了。其他知名教授还有很多，网站都有你仔细看吧。

个人意见，两院系明显侧重不同，选择一个适合你的，且你喜欢的吧。