明代之后的温热病证，是我国内科治疗的范畴，中医内科学按其传统概念，既包括伤寒之证治，也包括一般杂病之诊断和治疗。明代是研究《伤寒论》学说的重要时期，不同学派兴起，代表人物有方有执、张遂辰、张志聪、王肯堂、李中梓等。方有执编成《伤寒论条辨》8卷，关于伤寒之学说对清代伤寒学派之影响甚大；张遂辰、张志聪著有《张卿子伤寒论》；王肯堂广泛收集历代医药文献，结合临床经验以10年时间编著成《六科准绳》。这是一部集明以前医学之大成的名著，书中对各种疾病的症候和治法叙述“博而不杂，详而又要”，为历来医学家所推崇。

内科杂病在明末清初时亦甚昌盛，名家辈出，学派林立。孙一奎著有《赤水玄珠》；楼英著有《医学纲目》；而著名的内科杂病学家薛己，他的著作《内科摘要》，是我国医学史上以内科命名学科、书名之最早者。

此外，安徽祁门人汪机对医学理论问题之研究尤有卓见。他于1519年总结自己对外科学研究心得时，写成《外科理例》一书。从外科学之发展而言，或可誉之为外科理论继往开来的巨著。

1604年，外科学家申斗垣撰成《外科启玄》，他对外科鼻祖华佗的外科手术未能传世深表惋惜，故以“启玄”为其书名，旨在发掘历代外科手术疗法与医疗技术，以为民造福，对清代外科的发展有着重要影响。

《外科启玄》共12卷，卷1至卷3总论疮疡的病候、诊法及治则，共72论；卷4至卷9分论外科约200种疾病的证治，并绘有图形；卷10附入《痘科珍宝》1卷。卷11至卷12为治疗方剂。有4种明刻本和后世影印本。

到了清代，著名温病学奠基者叶天士著有《温热论》，为我国温病学说的发展提供了理论和辨证的基础。清代名医章虚谷高度评价《温热论》，说它不仅是后学指南，而且是弥补了张仲景书之残缺。可见其功劳很大。

万病回春和寿世保元相比寿世保元好。万病回春和寿世保元都是明代著名医家龚廷贤的代表作，寿世保元是是继他的《万病回春》等书之后的又一部综合性医学著作，也是他集中反映和体现其临床经验和学术思想的一部高水平著作。相比于万病回春，寿世保元的理论和经验更加丰富，所以万病回春寿世保元相比寿世保元好。