全祖望上承清初黄宗羲经世致用之学，勤奋攻读，博通经史，为清代浙东史学名家。全祖望尤多留意于南宋和晚明文献，虽贫病而著述不辍。他37岁时三笺《困学纪闻》，42岁时补辑《宋元学案》，45岁至48岁的晚年仍朝夕不倦地七校《水经注》。临终前还自编文集。全祖望生活的时代，整个社会弥漫着一股空疏不实的学风，清初稽古洽闻之士，至康熙中叶凋零殆尽。鉴于当时学人多从事帖括之业或词章之学的弊病，他发出“求其原原本本，确有所折衷而心得之者，未之有也”（《鲒埼亭集·翰林院编修赠学士长洲何公墓碑铭》）的感叹。这一时期程朱理学占据学术主流，但那些自命为朱学的人，议论迂阔陈腐，只知“奉章句传注而墨守之，不敢一字出于其外”，结果形成“朱学反自此而晦”（《鲒埼亭集外编·横溪南山书院记》，以下书名省略）的局面。而社会上流行的陆王心学，则往往“高谈性命，直入禅障，束书不观，其稍平者则为学究，皆无根之徒耳”（《外编·甬上证人书院记》）。全祖望试图扭转这种学术风气，严厉批评宋元以来“门户之病，最足锢人”的弊端（《外编·杜洲六先生书院记》），确立了学贵自得、融会百家的治学宗旨。

全祖望学贵自得、融会百家的思想有着丰富的内涵，堪称其一生的学术总结。他特别反对一味拾人牙慧、步人后尘，或墨守一家、囿于成说，从而失去自己独立思考的品性和学术创新空间的做法，赞誉元代吴澄的学术兼收朱熹、张载、吕祖谦、陆九渊之长，治学不墨守一家，而是“以求自得，不随声依响以为苟同”（《外编·城北镜川书院记》）。在他看来，自得之学当是汲取百家之所长，再经过自己悉心揣摩、加以融会，从而获得属于自己的真知。全祖望高度评价明代黄润玉的学术成就，将其与明代大儒陈献章相提并论。清初黄宗羲曾评价陈献章的学术“要归于自得”（《明儒学案·师说》）。在全祖望看来，黄润玉治学同样是“皆其心之所自得，而非浮虚剽袭之言”（《外编·黄南山先生传家集序》）。黄润玉“所以为朱学之羽翼者，正不在苟同也”（《外编·横溪南山书院记》）。全祖望还赞许宋代史蒙卿治学虽以程朱理学为宗主，却能够“独探微言，正非墨守《集传》、《章句》、《或问》诸书以为苟同者”（《外编·甬东静清书院记》）。可见自得之学、融会百家是全祖望治学所追求的一种很高的境界，其中闪耀着不立门户、不定一尊的思想光辉，充分表现出对前贤的尊重与继承。

全祖望把自己所主张的自得之学与两种虚假的“自得之学”区别开来，并对它们进行了批判。其一，脱离真知的“自得”。他指出：“正献之言有曰：‘学贵自得，心明则本立。’是其入门也。又曰：‘精思而得之，兢业以守之。’是其全力也。槐堂弟子多守前说，以为究竟，是以稍有所见，即以为道在是，而一往蹈空，流于狂禅。”（《外编·城南书院记》）这种“稍有所见，即以为道在是”的“自得”，实质是蹈虚空言，被全祖望斥为游谈无根之学。他引宋元之际王柏之言，对这种“自得”的实质与危害作了深刻揭露，指出“孟子之所谓自得，欲自然得于深造之余，而无强探力索之病，非有脱落先儒之说，必有超然独立之见也。举世误认自得之意，纷纷新奇之论，为害不少”（《宋元学案·北山四先生学案》）。其二，以他人之见矜为“自得”。宋代昆山卫湜荟萃百家，纂成《礼记集说》一百六十卷。是书采撷广泛，但作者不置一语于其中。对此，卫湜自己坦言：“他人著书，惟恐不出于己。予之此编，惟恐不出于人。”全祖望对这种诚实态度倍加赞许，认为是“至哉言乎！世之狗偷獭祭以成书，矜为自得，或墨守一家坚辟之学者，其亦可以已矣夫”（《外编·跋卫栎斋礼记集说》），给那些以掠人之美为“自得”的无耻之徒敲响了警钟。

针对以上两种积弊，全祖望提出“躬行”实践的主张。他认为既然有蹈空虚说之存在，则“论人之学，当观其行，不徒以其言”（《外编·碧止杨文元公书院记》），强调不能仅据其人之言而论其学，应当在实践中对其学说进行考察。自得之学，必须验之于躬行，“苟非验之躬行，诚无以审其实得焉与否”（《外编·石坡书院记》）。通过躬行实践，则狂禅之自得就不攻自破了。这种精神，渗透在全祖望一生的学术实践之中。他为黄宗羲辑补《宋元学案》，堪称是贯彻其学术宗旨的典范。全祖望对《宋元学案》的续修工作主要包括三个方面：一是在内容上有所增补。《宋元学案》共有91个学案，其中属于全祖望增补的共计32个，凡33卷，约占全书所立案卷的三分之一。经他增补之后，宋元学术的主流与支流均得到充分反映，学术思想发展的面貌更为全面。二是对黄宗羲的原本加以“修定”、“次定”、“补定”，考订其中的失误。全祖望不为黄宗羲的失误隐讳，明确地指出原书中存在的不足，在各学案中不存门户之见，客观叙述各家各派学术利弊得失，达到了融会百家的目的。三是完善了学案体例。全祖望将史“表”运用到学案体裁之中，每一学案内先立《学案表》以揭明学术源流，这是一个创举；同时增订并精心撰写《序录》，概括评价各派学术。他在对待各学派的态度上比黄宗羲更为开放，持论往往较黄宗羲更为博大平恕。经过全祖望续修的《宋元学案》，不仅成为中国学术史著作成熟的标志，而且反映出融会诸说、不定一尊、注重独创的治学精神，深为学者所推崇。除此之外，全祖望七校《水经注》、三笺《困学纪闻》的学术实践，也是对其学贵自得、融会百家治学思想的最好注解。正因为如此，全祖望对于清代学术风气的转变所起的作用至为关键，而他的思想认识以及学术见解，对于今天的学者治学也不失为一种有益的借鉴和启示。

全祖望写了不少传记散文。碑铭如《忠介钱公第二碑铭》、《二曲先生窆石文》、《亭林先生神道表》、《梨洲先生神道碑文》、《前侍郎桐城方公神道碑铭》、《厉樊榭墓碣铭》等，是记叙清代重要人物和学术文艺的重要文章。传论如《庄太常传》、《陈同甫论》、《明庄烈帝论》，记序如《浦阳江记》、《梨洲先生思旧录序》，简帖如《心丧剳子答鄞令》，以及其身后门人所编文集《外编》中的《初查白先生墓表》、《梅花岭记》、《华氏忠烈合状》、《屠董二君子合状》、《江浙两大狱记》等文，也都不是寻常之作。但全祖望某些持论也有偏激之处。他的文章不拘成法。有人讥其对古文粗识藩篱，叙述不中律度（谭献《复堂日记》）等等，其实是忽视内容、过于推敲形式的批评。全祖望的诗歌多注意评骘人物，表彰忠义，但嫌议论过多，笔较质直。

全祖望著述的整理出版，是全祖望研究的另一项基础性工作。民国时期，商务印书馆出版四库丛刊本《鲒琦亭集》、《鲒琦亭诗集》，前者收其《文集》内外编88卷及《经史问答》10卷。清刻本的影印出版，为研究全祖望提供了方便。

2000年，上海古籍出版社出版了《全祖望集汇校集注》。此书由谢国桢发其端，朱铸禹集前人校注之功，收录全祖望大部分著述，分三册装订，是全祖望著作的集大成。当然这么大的集子，疏漏也在所难免，辛德勇的《全祖望<经史问答>万氏刻本缀语——兼谈上海古籍出版社本<全祖望集汇校集注>》（《书品》2004年5、6期）和胡伟的《<鲒琦亭集>校读札记》（南京师范大学硕士论文，2006年），都对该书的失误提出批评，胡文校出其标点、文字讹误61处。有关全祖望著作的选本和注本，尚有黄云眉的《鲒琦亭文集选注》（齐鲁书社1982年）、詹海云的《全祖望<鲒埼亭集>校注》（台北鼎文书局2003年），以及《全祖望校<水经注>稿本合编》（中华全国图书馆文献缩微复制中心1996年）和《宋元学案》（民国时期有中华书局《四部备要》本，今有1986年中华书局校点本）。

对于全祖望著述成书、流布过程的考辩，最主要、最全面的研究文章是蒋天枢《全谢山先生著述考》（《国立北平图书馆馆刊》第7卷第1、2号，1933年），此文全面考察全祖望所有著作及其流布过程，指出全祖望计有《公车征士录》、《读易别录》、《困学纪闻三笺》、《句馀土音》、《续甬上耆旧诗集》、《宋元学案》、《汉书地理志稽疑》、《七校水经注》、《经史问答》、《鲒埯亭集》、《鲒埼亭集诗集》、《鲒埼亭集外编》、《甬上望族表》、《孔子弟子姓名表》以及伪书《年华录》共15种，另外尚有存目之书数种。此后王永健《评传》、黄云眉《鲒埼亭集选注·前言》、谢国桢《清代卓越的史学家全祖望》、子微《全祖望及其著作》（《古籍整理与研究》第五期，中华书局1980年10月第1版）、詹海云博士论文《全祖望学术思想研究》第五章等文，也对全祖望的著作情况作了介绍和考证。因为全祖望的《鲒埼亭集》在杭世骏处滞留多年，所以引起一段公案。刘孔伏《<鲒埼亭集>内外编之由来》（《广西师范学院学报》1986年4月）认为，董秉纯两次整理文集，才形成了内外编，指出谢国桢“仿明遗民而分内外集”、黄云眉“杭世骏惧祸”两说欠妥。

全祖望曾七校《水经注》。在《胡适全集》中，有许多讨论全祖望《水经注》五校本、七校本的文字。但是胡适疑心太重，假设过于大胆，他先是认为全祖望七校本为伪作，贬低全祖望的治学态度和郦学成就，后来发现天津图书馆藏的五校本，又撰文承认了七校本的真实性，引起了一些无谓的考证与讨论，谢忠岳的《全祖望·水经注·胡适·天津图书馆》一文对此有具体评说（《图书馆工作与研究》1996年5期）。除胡适外，王国维、陈桥驿、吴天任等人也都对全祖望校《水经注》的贡献有评论。

此外，全祖望还整理完成了黄宗羲的未竟稿《宋元学案》。自乾隆十一年开始，全祖望历时九载，补写改订黄氏原书，又增立学案32个。卢钟锋的《论<宋元学案>的编纂、体例特点和历史地位》（《史学史研究》1986年2期）、陈祖武的《<宋元学案>纂修拾遗》（《中国史研究》1994年4期）、林久贵的《(宋元学案)的作者及成书经过述论》（《黄冈师专学报》1998年8月）、仓修良、吕建楚的《全祖望和<宋元学案>》（《史学月刊》1986年第2期）、陈其泰的《<宋元学案>的编撰与成就》（《史学史研究》1990年3期）、吴光的《<宋元学案>成书经过、编纂人员与版本存佚考》（杭州师范学院学报2008年1月第1期）及《评传》等文章，都对全祖望增补《宋元学案》的贡献作了高度评价。

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关于《论语》的书，真是汗牛充栋，举不胜举。读者如果认为看了《论语译注》还有进一步研究的必要，可以再看下列几种书：

1、《论语注疏》——即何晏集解、邢昺疏，在《十三经注疏》中，除武英殿本外，其他各本多沿袭阮元南昌刻本，因它有《校勘记》，可以参考，基本文文字出现于《校勘记》的，便在那文字句右侧用小圈作标识，便于查考。

2、《论语集注》——宋朱熹（1130—1200年）从《礼记》中抽出《大学》和《中庸》，合《论语》、《孟子》为《四书》，自己用很大功力做《集注》。固然有很多封建道德迂腐之论，朱熹本人也是个客观唯心主义者。但一则自明朝以至清末，科举考试，题目都从《四书》中出，所做文章的义理，也不能违背朱熹的见解，这叫做“代圣人立言”，影响很大。二则朱熹对于《论语》，不但讲“义理”，也注意训诂。所以这书无妨参看。

3、刘宝楠（1791—1855年）《论语正义》——清代的儒生大多不满意于唐、宋人的注疏，所以陈奂（1786—1863年）作《毛诗传疏》，焦循（1763—1820年）作《孟子正义》。刘宝楠便依焦循作《孟子正义》之法，作《论语正义》，因病而停笔，由他的儿子刘恭冕（1821—1880年）继续写定。所以这书实际是刘宝楠父子二人所共著。征引广博，折中大体恰当。只因学问日益进展，当日的好书，今天便函可以指出不少缺点，但参考价值仍然不少。

4、程树德《论语集释》。此书在《例言》中已有论述，不再重复。

5、杨树达（1885—1956年），《论语疏证》。这书把三国以前所有征引《论语》或者和《论语》的有关资料都依《论语》原文疏列，有时出己意，加案语。值得参考。

6、杨伯峻《论语译注》。杨伯峻先生是一位语言学家，在古汉语语法和虚词的研究方面颇有建树。杨伯峻先生的学术背景及其家学渊源，使他在注解《论语》《孟子》和《春秋左传》等古籍时显得游刃有余。他的《论语译注》注重字音词义、语法规律、修辞规律及名物制度、风俗习惯等的考证，论证周详、语言流畅，表述清晰准确，不但有很高的学术价值，更是普通读者了解《论语》的一本入门参考书。当然，《论语译注》在今天来看也是瑕瑜互见的。

7、钱峻《论语浅讲》。