留存今世的清朝中央机构历史档案中，有一部分为皇室问疾治病的脉案和用药处方，这些医疗档案文献的最初形成者，就是当年清朝的宫廷医疗机构——太医院。

设立于顺治元年（1644年）的太医院，历经清宫十朝，一直主掌宫廷医疗之事。初设时，置院使一人，左、右院判各一人，以掌院事。

后于乾隆五十八年（1793年）又特简管理院事王大臣一人领院务。院判以下属官数额，历代多经添裁，至光绪年间为：御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。

职官品秩原定为：院使正五品，院判正六品，御医正七品，吏目八、九品各十三人。至宣统元年（1909年），经时任院使的张仲元疏请，晋院使以次各官品秩为：院使正四品，院判正五品，御医正六品，吏目八品改为七品，九品改为八品。

职官中除管理大臣为满族官员外，其余均为汉员。为使医官素质能维持在较高水平，太医院规定，倘有员缺时，除院使由左院判升补，左院判由右院判转补，右院判由御医升补外，其余御医、吏目、医士出缺，均要经考试择学业医术精良者按级递升。对初进院的医生，须是通晓医理并身无过犯者，并要自取同乡京官印结后，赴太医院具呈报明验看；再取本院医士、医官保结，由院官面试，认为确属医学可造就者，方才准其在院学习候试。待医生缺出，再经考试顶补。太医院设有教习厅，选品学兼优的御医、吏目任教习，将初进院医生和医官子弟均送入学习。

到同治六年（1867年）又设医学馆，于每年春秋二季对医士、医生、学习生进行考试，并根据成绩列出等级，准备按名升补。每隔六年，还要会同礼部举办大考。吏目以下人员均须参加。由院官考核每人的文理、医学等科目，分别去留，列出等级，并咨行吏礼二部注册备案。

若医官因重病不能效力时，经院官验实可奏准告退，病愈仍补原缺。如发现推诿托故不归而在外行医者，严加议处。

太医院内的医疗部门，最初分为大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、正骨、痘疹共十一科。后咽喉并入口齿，痘疹并入小方脉，成为九科。至光绪年间，伤寒、妇人并入大方脉，疮疡改为外科，针灸、正骨停办，成为大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿五大科。院内各医官平时习业，皆须专精一科。