我国历代本草药书及古籍的许多著作都论述了灵芝。东汉王充在《论衡·初禀篇》中说：“芝草一年三华，食之令人眉寿庆世，盖仙人之所食”。东汉末年《神农本草经》论述了灵芝的分类、产地、气味和主治等，书中将灵芝分为赤、青、黄、白、黑、紫等六种，皆列为药中“上品”；还明确指出“山川云雨、四时五行、阴阳昼夜之精以生五色神芝”。唐朝苏敬的《新修本草》、梁代陶弘景的《神农本草经集注》和《名医别录》以及明朝李时珍的《本草纲目》等著作均在《神农本草经》的基础上进一步补充，修正了有关灵芝的论述。

明代医药学家李时珍撰写的《本草纲目》中，不仅引用了古书中有关灵芝的记述，而且还对其进行了考证与评论。关于灵芝的药效，李时珍曰：“主治耳聋，利关节，保神，益精气，坚筋骨，好颜色，久服轻身不老，延年、疗虚劳、治痔”，这些药效，已为当今药理研究所证实。清朝陈螟子在《花镜》（1688）一书中，对灵芝的人工栽培方法做了较为详细的介绍：如“道家种芝法，每次糯米饭捣烂，加雄黄、鹿血，包暴干竹笋，候冬至日堆于土中自出”，或“灌菌入老树腐烂处，来年雷雨后即可得各色芝类”。

关于灵芝药食兼用的特点，有许多论述。李时珍指出：“昔四酷采芝，群仙服食，则芝菌属可食者，故移入菜部”。陶弘景亦指出：“凡得芝草，便正尔食之，无余节度，故皆不云服法也。”苏敬则认为：“芝自难得，纵获一二，岂得终久服耶”。古代天然灵芝较少，且难得，这不仅提高其价值，而且也限制其更广泛应用。

明清时期：《本草纲目》，近现代时期：《中国药典》。

明朝李时珍《本草纲目》，记载药物一千八百多种，方剂一万多个，全面总结了16世纪以前的中国医药学，被誉为“东方医药巨典”。李时珍重视实地考察和试验观察，注意运用比较方法，所以他对药物的认识和总结具有较高的科学价值。《本草纲目》对药物的分类反映了由低级到高级的生物进化观。李时珍还提出“鸟产于林，故羽似叶”的观点，反映了他在动物适应环境、相关变异以及遗传特征等方面的新认识。

药论夫药者。天地间之万物也。昔古神农悯苍生之疾苦。格物理之精微。其用心可为仁矣。故本草药品虽多。

早在后汉时期以前，有关本草学的著作除了《神农本草经》和《桐君采药录》二书外，据《吴普本草》佚文所引可以考知者尚有数家本草学专书，其中包括：《黄帝（本草）》（按，此书原名全称不详，今暂附以“本草”二字，下同）、《岐伯（本草）》、《雷公（药对）》、《扁鹊（本草）》、《医和（本草）》和《李当之（本草）》6种。惟在这些古本草学的佚文中只能看到个别药物性味和有毒、无毒的文字，如果将这部分内容与《桐君》佚文加以对照，除了记述相同者，颇有些差异之处。这种在古代早期的多种本草著作中的论述互有差异的情况，也可以在唐代初期成书的《新修本草》一书孔志约序文中明确地看出。孔序的原文是：“梁·陶弘景雅好摄生，研精药术，以为《本草经》者，神农之所作，不刊之书也。惜其年代浸远，简编残蠹与《桐（君）、《雷（公）》众记，颇或蹖驳。”（“蹖驳”一辞，义为杂乱，不一致）不难看出，唐代时期所能见到的《神农本草经》与《桐君采药录》、《雷公（药对）》等古代早期药学著作相互间已经具有不少明显差异。现将《桐君采药录》与其他古代早期本草学著作的差异之处据《证类本草》中的现存佚文，分别对照比较如下。

与《神农（本草）》比较

莽草——《桐君》：苦，有毒。《神农》：辛。

狼牙——《桐君》：咸。《神农》：苦。

落（络）石——《桐君》：甘，无毒。《神农》：苦。

虎掌——《桐君》：辛，有毒。《神农》：无毒。

与《黄帝（本草）》比较

牡丹——《桐君》：苦，无毒。《黄帝》：苦，有毒。

巴豆——《桐君》：辛，有毒。《黄帝》：甘，有毒。

狼牙——《桐君》：咸。《黄帝》：苦。

贯众——《桐君》：苦，（一经）：甘，有毒。《黄帝》：咸、酸（按：“一经”系指《桐君》之别本）。

与《岐伯（本草）》比较

丹参——《桐君》：苦。《岐伯》：咸

玄参——《桐君》：苦。《岐伯》：咸。

芍药——《桐君》：甘。《岐伯》：咸。

牡丹——《桐君》：苦。《岐伯》：辛。

与《扁鹊（本草）》比较

班猫（斑蝥）——《桐君》：有毒。《扁鹊》：有大毒。

石胆——《桐君》：辛，有毒。《扁鹊》：苦，无毒。

与《雷公（药对）》比较

落（络）石——《桐君》：甘。《雷公》：苦。

芍药——《桐君》：甘。《雷公》酸。