明万历十九年（公元1591年）努尔哈赤统一了建州诸部，伴随统一战争的进行，归服的人口日众，先前那种只凭血缘关系的军事与生产组织，已不能适应统一战争的需要了。于是在这种特殊的政治历史环境下，八旗制度便应运产生了。《满文老档》中记载如下：“聪睿恭敬汗将收集众多之国人，尽行清点，均匀排列，每三百丁编一牛录，牛录设额真一人、牛录额真下设代子二人、章京四人、村拨什库四人。将三百男丁以四章京之分编塔坦，无论做何事，往何地，四塔坦的人按班轮值，其同工、同差、同行走。”（额真来自蒙语，是主人的意思。）
随着统一战争的不断扩大，牛录编设的增多，为适应多兵力、大规模作战统一指挥的需要，努尔哈赤将五牛录（实际大多不止五个）组成一个甲喇，在由五个甲喇组成一个固山，即旗。并以八种不同形式的旗帜作为标志，行军战斗；生产劳动；行政管理均为一个固定单位。旗是八旗制度中的最高组织形式，也是最大的军事编制。
起初，努尔哈赤一人直接指挥各牛录兵作战，没有旗一级的组织。随着军队的扩大，出于战争包抄战术的需要，遂分成两、四路，各以不同旗帜导引，逐渐固定化。便形成了开始的四旗。清《高皇帝实录》中记载：“初设有四旗，旗以纯色为别，曰黄曰红曰蓝曰白，至是添设四旗，参用其色镶之，共为八旗。” 清代档案中所记载的八旗创建时间并不完全一致，给后人留下了不少疑点。实际上，八旗制度的创制和发展经历了一个长达五十余年的过程，可以分为初制、建制和定制三个阶段。即从牛录到四旗，从四旗到八旗，再从八旗到二十四旗。可以说，万历十一年（关于1583年）努尔哈赤起兵不久，满族的军队就有了牛录组织。万历二十九年（公元1601年）正式整编牛录，建立四旗。万历四十三年（公元1615年）正式整编八旗，建立八旗制度。满洲八旗建立后，又建立蒙古八旗，再建立汉军八旗，从而使八旗制度完善。努尔哈赤创建的八旗制度，将国家的中枢机构与基层的牛录组织有机地联系起来，从而把星散于深山密林间的满洲臣民组成一个社会军事化、军事社会化的新型社会结构。这种社会结构把生产力低下、文化落后的满族人高度有效地组织起来，使建州女真从原始部落迈入了国家社会。这是满洲社会崛起的一个关键。

八旗制度建立之初,实质上是一种军政合一的社会组织形式,兼有军事!行政和生产三方面的职能,即“出则为兵,入则为民”,耕战二事,未尝偏废,对推动满族社会经济的发展,强化各族人民的统治起到了积极的作用。努尔哈赤把从战争中俘获的人统一起来,规定每300人编一牛录,每
牛录置一牛录额真(佐领)；每5个牛录立一甲喇额真(参领)；每5个甲喇组成一个固山(旗),固山是满洲户口编制的最大单位。每一个固山,各有一个专用的颜色做旗帜。八旗户口每三年调查一次,不许旗外的人假冒入册,也不许旗下人远离本人所属的牛录居住。随着吞并渐广,纠合渐众,除女真诸部统一外,大量的汉人、蒙古人和其他少数民族纷纷归降,从1615年清太祖努尔哈赤创建八旗制度,到1635年清太宗皇太极编设八旗蒙古,1642年编设八旗汉军。
八旗主要分为满八旗、蒙八旗、汉军八旗，满八旗是努尔哈赤的手笔，也是满族入关前的政治制度、文化系统、社会基础。蒙八旗和汉军八旗则是皇太极即位之后的手笔，只是蒙八旗制度松散，而且蒙古内部因为漠南、漠北蒙族互相掣肘，对于满洲入关起的作用，一度不如汉军八旗来得重要。
努尔哈赤在万历四十三年（1615）建立八旗（八固山）制度，以300丁为一牛录，五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山，即一旗，实际上，八旗人数时有增减。牛录（满语，意即大箭）最初是每10丁为一牛录，首领称牛录额真，额真是满语，汉语称佐领。无论出战还是打猎，则都以牛录为单位，这就为满洲社会和军事系统初步奠定了基础。万历二十九年（1601）努尔哈赤鉴于各部族因为人数多寡不一，人员素质也不同，因此对于牛录制度进行了第一次整编。他将每牛录扩充到300人，因此佐领下又设两个副手，满语称“代子”；同时每牛录分为四个达旦，每达旦由一个章京（满语，意即书记官）和一个拨什库（满语，意即领催）管理，这时，满洲军队的编制基本成形了。旗丁中按照身份地位，分为阿哈、披甲人、和旗丁三种。阿哈即奴隶，多是汉人、朝鲜人；披甲人是降人，民族不一，地位高于阿哈；旗丁是女真人。

努尔哈赤大约有40个左右的牛录，也就是掌握12000余人的部队，在当时关外算是极大的屏α恕0个左右的牛录都是由努尔哈赤的兄弟亲戚将领。后来努尔哈赤杀胞弟述尔哈奇和长子褚英之后，事权更加统一，同时努尔哈赤也认识到仅仅以牛录为单位，容易造成权力分散的流弊。他便着手建立八旗制度。1615年即万历四十三年，努尔哈赤建立了八固山制度。固山的人员编制我上面已经介绍了。牛录官员编制不变，每甲喇设一到两名甲喇额真，每旗设一固山额真，配有两名梅勒额真。固山额真之上还有一个旗主额真，又称为和硕贝勒、固山王。他才是一旗的真正主宰者。

八旗制度也可以说是努尔哈赤为了政治需要而创立的。之后因为战事需要，努尔哈赤强化君权，将八旗的编制再因为政治需要而重新做了分配。便有四大贝勒四小贝勒的说法，四小贝勒也因为政治利益的不断重新分配而时时产生改变。比如天命六年（1621），四小贝勒为德格勒，济尔哈郎，阿济格、岳托，到天命十一年的时候，四小贝勒就只剩下三人，分别为阿济格、多尔衮和多铎，而皇太极将领正白和镶黄两旗。同时，上下旗的制度也是这时确立下来的，只是主旗贝勒的地位并不因为上下旗而有差别。侍卫皇室的人称朗卫，且必须是出身镶黄、正黄和正白上三旗的旗人。