古籍整理专指对中国古代书籍进行审定、校勘、注释等加工整理工作，使新出版本便于现代人阅读。古籍整理是连接历史与现实的桥梁，是"存亡继绝"的工作，它不仅向人们展示历史、更重要的是要保留历史，让人们在纷繁芜杂的现实中仍能把握住民族发展的脉络，挖掘中华民族传统文化的精华，参与世界文化交流。

上海图书馆藏有已编古籍130余万册（其中善本约18万册）、碑帖16万件（其中善本2千余件）、明清近代尺牍11万8千通。馆藏的大量增加，充分说明在社会各界的关心与支持下，上图对搜集保藏传统文化遗产的高度重视。

长期以来，在可能的条件下，上图尽力做好古籍保护工作。尤其是1996年新馆落成，极大改善了古籍庋藏条件，如善本书库已做到恒温恒湿，后来又为属于国家一级文物的藏品制作了楠木盒加以珍藏。1996年，在上海市委、市政府的支持下，上图专门成立了抢救历史文献工作组，开始对大量累年积聚成堆的未编文献进行抢救整理。这是历年来上图对古籍所开展的最大规模整理保护工作，前后已持续近十年，至今仍未终止，业已取得显著成果。如建成总共800平方米的家谱、碑帖专库；对大批破损家谱及部分碑帖予以修复；编纂出版了反映1万1千余种10余万册馆藏的《上海图书馆馆藏家谱提要》；初步摸清馆藏碑帖家底，其数据库也在制作之中。这不仅使大宗尘封数十年的历史文献得到有效保护，并使之为读者所利用，取得了良好的社会效益。

然而，由于历史原因，上图仍有约50万册古籍、2万余件碑帖尚未整理编目，大批虫蛀、残损古籍有待精心修复。囿于目前人力、物力等条件限制，古籍整理保护工作仍将是一场持久战。

1990年～1993年完成了市文化局科研计划项目“自动古籍图书超高频杀虫机”研制，并获得了1993年度文化部科技进步二等奖。

1994年～1997年又完成了科研项目“用拟除虫菊酯对馆藏图书、资料防蛀方法的研究”，并获得了1997年度文化部科技进步三等奖。