图书馆在文献资源建设方面紧密结合学科建设与科学研究的需要，现已建成以中医药学科为主，兼顾理、管、文、农、教育等学科的综合性藏书体系。图书馆大力开展数字化建设，建立了数字图书馆体系，开通了移动图书馆，实现了由传统图书馆向现代图书馆的转变。图书馆现有馆藏纸质图书130多万册,其中古籍图书27891册，珍善本2720册，孤本26种46册,中文期刊1674种；外文期刊18种,电子图书240多万册，数据库28个。

图书馆通过完善服务机构、延长开放时间、改善服务条件、增加服务项目、调整资源配置、加强馆藏宣传等措施，不断提高服务水平和资源利用率。目前，全馆每周开放98小时，web主页24小时服务。实现了泛在服务、一站式检索服务、纸质资源和电子资源的无缝链接、开展了主动推送服务、学科知识服务，围绕学科内涵，积淀特色学科资源,建立专题数据库和中医特色数据库；面向校内各部门专家、校外相关单位卫生决策需求，自办刊物《中医药科教信使》和《医药信息导报》，为学校的教学和科研提供了强有力的信息支撑。

与我校的专业特点相适应，本馆中医药文献收藏最为丰富，古今中外主要的中医药图书、期刊等均可供查阅。随着电子信息需求量的增加，我们又先后购置了中医药文献数据库、中国生物医学文献光盘数据库、中国学术期刊光盘（全文）数据库、中国专利数据库等，从而极大地提高了文献信息的研究和服务水平。在作好服务工作的同时，本馆还积极开展对外的信息交流，除与国内数百家中医药科研机构保持密切往来外，还与美国、日本、德国、加拿大、新加坡、台湾、香港等国家和地区的有关医药机构建立了固定的资料交换关系。

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批校本是批本、校本、题跋本的统称。专家称，这些经前贤亲笔点校、批读、题跋过的书籍，也许本身年代并不十分久远，但批点时所依据的本子必是名家学者多方搜求而得的精善之本，同时又融入批阅者的多年心得，而后或被重抄、或新校，乃至重新刊刻，礼赠同好，成为中国文化传承中的重要支脉。以黄丕烈、顾广圻、鲍廷博为例，经他们题跋、批校、刊刻的善本古籍以其独特的学术、艺术和文物价值尤为后人所珍重。

在业内人士看来，批校者就好比妙手回春的医生，一部原本无差别的普通书籍，经他们点化之后，便拥有了独特的生命力。

专家说，名人批校本可称为书林中之“隐贵”，外表未必奢华，但是气质幽雅，风神独具，足倾吉士之心。人们对“黄跋”“顾校”“鲍刻”以及其他名家批校本的热衷，从本质上是对中国传统文化的价值认同，也是对学者、学养、学术的尊重和推崇。这或许是批校本能在古籍善本的众多品类中独树一帜，引起学界、业界以及官方多重关注的原因所在。

南京中医药大学图书馆现有馆藏中外文图书、期刊合订本及线装古籍50万册。其中中医药图书15万种10万余册，中医药期刊与现代医药、生物学期刊等2754种，外文医药期刊现刊102种，现刊1100多种。建国后公开出版的中医药图书入藏率95%以上，中医药期刊入藏率近100%。中文医学期刊式索引保持建国以来的完整性与延续性。入藏期刊合订本5万余册、民国期间图书以及中医古籍线装书3000多种4万多册，珍本、善本古籍300种3000多册。外文重要生物、医学检索工具配置齐全，具有20年以上综合检索能力。图书馆每年投入购书经费200～250万元。

图书馆还配置有6000余种中外文参考工具书和古今大型丛书、类书,如《四库全书》、《丛书集成》、《四部丛刊》、《民国丛书》、《中国地方志集成》、《道藏》、《佛藏辑要》、《大藏经索引》、《古今图书集成》等。经日常考察统计，相关专业一次文献保障率达80%以上。据国家中管局科研项目《中华本草》和《方剂大辞典》主编反映，两书引用书的品种，我馆入藏率达90%以上。

图书馆现有纸质中外文图书、期刊65万册，其中古籍图书3000余种4万余册；电子图书79万册；中外期刊、专利、学位论文等35种数据库。古籍资源以明初刻本、明孤本、明稀见刻本、未刊稿本、珍贵抄本、日本、高丽早期刻本等为主。图书馆通过权威数据库引进、网络开放存取资源组织、校内自有资源开发、馆际资源交流与共享、特色馆藏资源整合与开发等多种途径稳步增加馆藏数量，持续提高资源质量，已经初步形成了特色明显、结构合理、体系完备的文献资源体系。