山东大学图书馆特藏部位于文理分馆蒋震图书馆，管理着图书馆的特藏文献资源。设有专用古籍书库3个，民国文献书库1个，总面积1800多平米，特藏阅览室一个，面积110多平米，阅览座位32个。书库内恒温恒湿，监视监控、防火防水防盗等设施齐全。

特藏部共藏有特藏文献资源40多万册件，其中古籍4万3千多种31万余册件(包括明清稿抄本、精刻本、法帖、拓片、书画、信札、唱本及书目古籍等珍贵特藏1万1千多种3万7千余册件)，民国文献3万1千多种6万4千余册（包括革命文献、民国图书、民国报刊、满铁文献、书目文献等）。

古籍收藏，历史悠长，量多质优，主要特色表现在明清善本古籍多、地方志古籍全以及古籍书目文献丰富等三个方面。其主要来源有三： 购买。除正常、零星购买外，主要是购买到了多批大宗的著名藏书家的藏书，如，购得青岛叶氏所藏地方志300多部，购得安邱曹愚盦藏书七大木箱近万册，购得诸城张镜夫千目庐所藏古籍3500多册等。 接受捐赠。山东大学历来以文史见长，很多国内知名学者都在这里工作过，他们中的很多人都把私人藏书捐赠给了山东大学图书馆，如：丁山先生的家属将丁氏生前所藏之书及著作手稿分三次悉数捐赠本馆，仅1952年一次捐赠就多达5000多册，蒋静贞先生捐赠藏书4653册，卢振华先生家属捐赠其所藏之书3000余册，郭宝钧先生家属捐赠800多册，另外社会捐赠图书亦复不少，如青岛华新纱厂经理捐赠私人藏书就有十多木箱数千册。 政府调拨。山东大学书馆曾接收过政府调拨过来的原青岛同善教会及原齐鲁大学图书馆等处所收藏的大批古籍。 自2007年国家古籍普查以来，特藏部已经将所有古籍、民国文献及影印古籍全部回溯建库，不适合建库的书画、碑帖等文献也全部整理登记。古籍数据库共著录古籍3万6千余种近31万册、民国文献2万8千余种6万1千余册、影印古籍8千1百余种2万4千余册，MARC总数达到6万4千余条，著录了书名、卷数、作者、抄刻者、抄刻时间、函册数、开本、版框、行款、牌记、刻工、序跋、藏印、存缺情况等项目内容。

山东大学图书馆馆藏较珍贵文献有： 国家珍贵古籍名录收录：（第一批）稿本《方望溪先生文稿》（第二批）元宗文书院刻明修本《五代史记七十四卷》等48种（第三批）明正德四年孙玺刻本《古乐府十卷》等19种 山东省首批珍贵古籍名录：（第一批）南宋刻本《开元释教录二十卷》（存一卷）等398种（第二批）元大德九年建康路儒学刻明成化弘治嘉靖南京国子监递修本《唐书二百二十五卷》等474部。

2007年1月，《国务院办公厅关于进一步加强古籍保护工作的意见》（国办发[2007]6号）的颁布，拉开了中华古籍保护计划的序幕。2007年2月28日，文化部在京召开全国古籍保护工作会议，全面启动古籍保护工作，国务委员陈至立出席会议并发表重要讲话。8月3日，文化部在京召开全国古籍保护试点工作会议，选定57家（后增至59家）古籍收藏单位，开展为期一年的古籍保护试点工作，印发了《古籍普查方案》等文件，宣布成立了由66人组成的专家委员会。

自9月底开始，文化部组织开展了名录的申报工作。申报工作受到各省、自治区、直辖市人民政府及各有关部门的高度重视，全国文化、文博、教育、民族、宗教等系统的200余家单位及个人参加申报，截止12月中旬，申报数量总计超过5000部，古籍类型除大量的汉文古籍外，还有丰富的民族文字古籍、金石碑拓、敦煌文献、舆图、竹木简等。

《国家珍贵古籍名录》 的入选标准十分严格。名录的主要收录范围是1912年以前书写或印刷的，以中国古典装帧形式存在，具有重要历史、思想和文化价值的珍贵古籍。少数民族文字古籍视具体情况适当放宽。国家珍贵古籍的评选标准，原则上与《古籍定级标准》（WH/T20-2006）所规定的一、二级古籍的评定标准相同，即国家珍贵古籍原则上从一、二级古籍内选定。属以下两种情况的古籍暂不入选：一是专家审定时对版本存疑的，暂不入选；二是申报的版本残缺超过50%以上，其他收藏单位有同一版本全本的，暂不入选。11月初，文化部成立评审委员会，聘请简帛、碑帖、敦煌文献、佛经、汉文古籍、民族语文古籍、古籍保护等各学科专家，开始进行名录的初审工作。经评审委员会反复研究、审议，于12月中旬初步确定了名录的推荐名单。2008年1月7日，文化部办公厅向全国古籍保护工作部际联席会议成员单位及各省（区、市）文化厅局发函，就名录推荐名单征求意见。根据各方的反馈意见，评审委员会研究后对推荐名单作了相应调整，于1月23日至29日在《中国文化报》及中国古籍保护网上向全社会进行了为期7天的公示。根据公示意见，经评审委员会再次研究，将名录推荐名单调整确定为2392部。

中华人民共和国国务院于2008年3月1日批准颁布首批《国家珍贵古籍名录》2392种及“全国古籍重点保护单位”51家。这2392种《国家珍贵古籍名录》，有汉文古籍2282部，包括简帛117种、敦煌文书72件、古籍2020部、碑帖73部；少数民族文字古籍110部，包括焉耆—龟兹文、于阗文、藏文、回鹘文、西夏文、白文、蒙古文、察合台文、彝文、满文、东巴文、傣文、水文、古壮字等14种文字。