山东大学图书馆特藏部位于文理分馆蒋震图书馆，管理着图书馆的特藏文献资源。设有专用古籍书库3个，民国文献书库1个，总面积1800多平米，特藏阅览室一个，面积110多平米，阅览座位32个。书库内恒温恒湿，监视监控、防火防水防盗等设施齐全。

特藏部共藏有特藏文献资源40多万册件，其中古籍4万3千多种31万余册件(包括明清稿抄本、精刻本、法帖、拓片、书画、信札、唱本及书目古籍等珍贵特藏1万1千多种3万7千余册件)，民国文献3万1千多种6万4千余册（包括革命文献、民国图书、民国报刊、满铁文献、书目文献等）。

古籍收藏，历史悠长，量多质优，主要特色表现在明清善本古籍多、地方志古籍全以及古籍书目文献丰富等三个方面。其主要来源有三： 购买。除正常、零星购买外，主要是购买到了多批大宗的著名藏书家的藏书，如，购得青岛叶氏所藏地方志300多部，购得安邱曹愚盦藏书七大木箱近万册，购得诸城张镜夫千目庐所藏古籍3500多册等。 接受捐赠。山东大学历来以文史见长，很多国内知名学者都在这里工作过，他们中的很多人都把私人藏书捐赠给了山东大学图书馆，如：丁山先生的家属将丁氏生前所藏之书及著作手稿分三次悉数捐赠本馆，仅1952年一次捐赠就多达5000多册，蒋静贞先生捐赠藏书4653册，卢振华先生家属捐赠其所藏之书3000余册，郭宝钧先生家属捐赠800多册，另外社会捐赠图书亦复不少，如青岛华新纱厂经理捐赠私人藏书就有十多木箱数千册。 政府调拨。山东大学书馆曾接收过政府调拨过来的原青岛同善教会及原齐鲁大学图书馆等处所收藏的大批古籍。 自2007年国家古籍普查以来，特藏部已经将所有古籍、民国文献及影印古籍全部回溯建库，不适合建库的书画、碑帖等文献也全部整理登记。古籍数据库共著录古籍3万6千余种近31万册、民国文献2万8千余种6万1千余册、影印古籍8千1百余种2万4千余册，MARC总数达到6万4千余条，著录了书名、卷数、作者、抄刻者、抄刻时间、函册数、开本、版框、行款、牌记、刻工、序跋、藏印、存缺情况等项目内容。

山东大学图书馆馆藏较珍贵文献有： 国家珍贵古籍名录收录：（第一批）稿本《方望溪先生文稿》（第二批）元宗文书院刻明修本《五代史记七十四卷》等48种（第三批）明正德四年孙玺刻本《古乐府十卷》等19种 山东省首批珍贵古籍名录：（第一批）南宋刻本《开元释教录二十卷》（存一卷）等398种（第二批）元大德九年建康路儒学刻明成化弘治嘉靖南京国子监递修本《唐书二百二十五卷》等474部。

《四库全书》是在乾隆皇帝的主持下，由纪昀等360多位高官、学者编撰，3800多人抄写，耗时十三年编成。丛书分经、史、子、集四部，故名四库。共有3500多种书，79万卷，36万册，约8亿字，基本上囊括了中国古代所有图书，故称“全书”。当年，乾隆皇帝命人手抄了7部《四库全书》，下令分别藏于全国各地。先抄好的四部分贮于紫禁城文渊阁、辽宁沈阳文溯阁、圆明园文源阁、河北承德文津阁珍藏，这就是所谓的“北四阁”。后抄好的三部分贮扬州文汇阁、镇江文宗阁和杭州文澜阁珍藏，这就是所谓的“南三阁”。

《四库全书》完成至今的两百年间，饱经沧桑，多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军攻占北京，火烧圆明园时被焚毁，文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被毁；杭州文澜阁藏书楼1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌，所藏《四库全书》散落民间，后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补抄，才抢救回原书的四分之一。文澜阁本在民国时期又有二次补抄。1914年在杭州图书馆第一任馆长钱恂的支持下，由徐锡麟二弟徐仲荪及其学生堵福诜自费补抄，历时7年，史称“乙卯补抄”。1923年，时任浙江教育厅长的张宗祥得知徐仲荪、堵福诜的义举后，十分感动，但他知道“修补”量相当浩大，单靠几个人很难完成，必须由政府牵头。在他的重视下，补抄人员增加到百余人，费用全部由浙江籍人募集，徐仲荪任总校，堵福冼任监理，历时两年，史称“癸亥补抄”。解放初，由于徐仲荪和堵福洗修补《四库全书》有功，他们俩的画像曾被悬挂在杭州文澜阁，以志纪念。2008年后《四库全书》大部分内容已经恢复。如今《四库全书》只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏台北故宫博物院（也是保存较为完好的一部）。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏甘肃省图书馆。文津阁本于1950年由中国政府下令调拨到中国国家图书馆，这是唯一一套原架原函原书保存的版本。而文澜阁本则藏于浙江省图书馆。

1966年10月，当时正处于中苏关系紧张时，为保护《四库全书》安全，林彪下令将文溯阁《四库全书》秘密从沈阳运至兰州，藏於戈壁沙漠中。辽宁有关人士要求归还，以书阁合璧。甘肃方面也修建藏书楼，加强保护。文溯阁《四库全书》其最终归属仍处争议中